Speider og soldat
Under den amerikanske borgerkrigen (1861–65) fungerte Cody først som unionsspeider i kampanjer mot Kiowa og Comanche og senere (i 1863) vervet seg til det syvende Kansas Cavalry, som så handling i Missouri og Tennessee. Etter krigen jobbet han for den amerikanske hæren som sivil speider og ekspedisjonsbærer fra Fort Ellsworth i Kansas (1866–67). I 1867–68 jaktet han bøffel for å mate byggemannskap på Union Pacific Railroad. I løpet av denne tiden sies det at han har slaktet rundt 4280 heste bøffel, og han ble snart kjent som mesterbøffeldraperen på Great Plains.
Cody skaffet seg et rykte ikke bare for nøyaktig skyting, men også for total tilbakekalling av det enorme terrenget han hadde krysset, kunnskap om indiske måter, mot og utholdenhet. Han var etterspurt som speider og guide, mest for det amerikanske femte kavaleriet, gjennom mye av regjeringens forsøk på å utslette indisk motstand mot bosetting av landet vest for Mississippi-elven (1868–76). I 1872 arrangerte general Philip Sheridan Cody og Lieut. Oberst George Armstrong Custer for å veilede storhertug Alexis av Russland på en jakttur som ble satt opp av den amerikanske pres. Ulysses S. Grant. Samme år ble Cody, som ofte tok farlige oppdrag som andre nektet, tildelt æresmedaljen for sine heroiske handlinger 26. april som speider for en kontingent av det tredje kavaleriet som forfulgte indianere som hadde stjålet hærhester nær Fort McPherson i Nebraska. . (Æren ble opphevet i 1916 som en del av en generell gjennomgang for å identifisere personer som hadde mottatt prisen, men som teknisk sett ikke hadde vært medlemmer av militæret som offiserer eller vervet menn. Speidere ble klassifisert som sivile. Den amerikanske hæren gjenopprettet imidlertid medaljen. of Honor to Cody posthumt i 1989.) Under hærtjenesten fortsatte Codys rykte å vokse. Alt i alt antas han å ha deltatt i 16 indiske kamper, inkludert hans mye omtalte skalpering (17. juli 1876) av Cheyenne-krigeren Yellow Hair (feilaktig oversatt som Yellow Hand) i Sioux county, Nebraska, som ble hyllet som en svar på massakren av Custers kommando i slaget ved Little Bighorn tidligere på året.