Matthias Jakob Schleiden nació en Hamburgo el 5 de abril de 1804. Su padre era el médico municipal de Hamburgo. Schleiden realizó estudios legales y se graduó en 1827. Luego estableció una práctica legal, pero después de un período de depresión emocional y un intento de suicidio, cambió de profesión.
Estudió ciencias naturales en la Universidad de Göttingen en Göttingen, Alemania, pero se trasladó a la Universidad de Berlín en 1835 para estudiar plantas. Johann Horkel, el tío de Schleiden, lo animó a estudiar embriología vegetal.
Pronto desarrolló su amor por la botánica en una búsqueda de tiempo completo. Schleiden prefirió estudiar la estructura de las plantas bajo el microscopio. Como profesor de botánica en la Universidad de Jena, escribió Contribuciones a nuestro conocimiento de la fitogénesis (1838), en la que afirmaba que todas las plantas están compuestas de células. Por lo tanto, Schleiden y Schwann se convirtieron en los primeros en formular lo que entonces era una creencia informal como principio de la biología de igual importancia que la teoría atómica de la química. También reconoció la importancia del núcleo celular, descubierto en 1831 por el botánico escocés Robert Brown, y sintió su conexión con la división celular.
Se convirtió en profesor de botánica en la Universidad de Dorpat en 1863. Concluyó que todas las partes de las plantas están hechas de células y que un organismo vegetal embrionario surge de una sola célula.
Murió en Frankfurt am Main el 23 de junio de 1881.
Die Entwickelung der Meduse («El desarrollo de las Medusae»), en Das Meer de Schleiden