Al estallar la Segunda Guerra Mundial, el príncipe Louis escribió al primer ministro francés, Édouard Daladier, ofreciéndole servir en el ejército francés. Su oferta fue rechazada, por lo que asumió el nom de guerre de Louis Blanchard y se unió a la Legión Extranjera Francesa, viendo acción en el norte de África antes de ser desmovilizado en 1941, tras el Segundo Armisticio de Compiègne. Luego se unió a la Resistencia francesa y fue arrestado por los alemanes después de intentar cruzar los Pirineos en su camino a Londres para unirse al líder de la Francia Libre Charles de Gaulle. Después de su arresto, pasó un tiempo en varias cárceles, incluida Fresnes. Tras su liberación, se unió al grupo de Resistencia francesa Organisation de Résistance dans l «Armee con el nombre de Louis Monnier. Otro miembro de la Brigada Charles Martel a la que pertenecía era su primo Joaquín, el príncipe Murat, asesinado en julio de 1944. Príncipe El propio Louis escapó por poco de la muerte un mes después cuando, el 28 de agosto, resultó gravemente herido como parte de una patrulla de siete hombres que fue atacada; él fue el único superviviente. Tras su recuperación, se unió a la División Alpina y más tarde fue condecorado por valentía.
Después de la guerra, vivió en Suiza y, de forma irregular, en París hasta 1950, cuando se derogó la ley de destierro contra los jefes de las antiguas dinastías gobernantes de Francia.
El príncipe Luis se convirtió en un exitoso hombre de negocios, con varios intereses financieros en África. En 1951, el príncipe envió una corona conmemorativa con la insignia «N» napoleónica al funeral de Guillermo, príncipe heredero de Alemania, hijo del depuesto emperador alemán Guillermo II. Esto fue visto como un gesto irónico por los realistas en ese momento, dado que fue la Casa Alemana de Hohenzollern la que derrotó y destronó a la propia casa imperial de Luis Napoleón durante la Guerra Franco-Prusiana en 1870.
Tras la muerte del príncipe Luis en Prangins, Suiza, designó a su nieto, el príncipe Jean-Christophe Napoléon, como su sucesor, sin pasar por su hijo mayor, el príncipe Charles Napoléon.