제 2 차 세계 대전 발발 당시 루이 왕자는 프랑스 총리 인 에두아르 달라 디에에게 프랑스 군 복무를 제안하는 편지를 보냈습니다. 그의 제안은 거절되었고, 그래서 그는 루이 블랑 샤드의 명단을 맡고 프랑스 외무 군단에 합류하여 북아프리카에서 행동을 취하다가 1941 년 콩피에 뉴의 제 2 차 정전 협정 이후 동원이 해제되었습니다. 그는 프랑스 레지스탕스에 합류했고 자유 프랑스 지도자 샤를 드골에 합류하기 위해 런던으로가는 도중 피레네 산맥을 건너려고 시도한 후 독일군에 의해 체포되었습니다. 체포 된 후 그는 Fresnes를 포함한 다양한 감옥에서 시간을 보냈습니다. 석방 된 후, 그는 Louis Monnier라는 이름으로 프랑스 레지스탕스 그룹 Organization de Résistance dans l “Armee에 합류했습니다. 그가 속한 Charles Martel 여단의 또 다른 구성원은 1944 년 7 월에 살해 된 그의 사촌 인 Joachim Murat 왕자였습니다. 루이 자신은 한 달 후인 8 월 28 일 공격을받은 7 인 순찰대에서 중상을 입었을 때 간신히 죽음을 피했습니다. 그는 유일한 생존자였습니다. 회복 후 그는 알파인 사단에 합류하여 나중에 장식되었습니다. 전쟁이 끝난 후 그는 스위스에서 살았고, 1950 년까지 프랑스의 전 통치 왕조의 수장에 대한 추 방법이 폐지 될 때까지 비 정기적으로 파리에서 살았습니다.
프린스 루이스는 아프리카에서 많은 재정적 이해 관계를 가진 성공적인 사업가가되었습니다. 1951 년, 왕자는 나폴레옹 “N”휘장이 새겨진 기념 화환을 독일 황제 빌헬름 2 세의 아들 인 독일 왕세자 윌리엄의 장례식에 보냈습니다. 1870 년 프랑코-프로이센 전쟁에서 루이 나폴레옹의 제국 집을 무너 뜨린 것이 독일 호엔 촐 레른 가문이라는 사실을 감안할 때, 이것은 당시 왕실 주의자들에 의해 아이러니 한 제스처로 여겨졌습니다.
스위스 프랑 긴스에서 루이 왕자가 사망 한 후, 그는 그의 장남 찰스 나폴레옹 왕세자를 무시하고 그의 손자 장 크리스토프 나폴레옹 왕자를 후계자로 지명했습니다.