第二次世界大戦の勃発で、ルイ王子はフランスの首相、エドゥアール・ダラディエに手紙を書き、フランス軍に仕えることを申し出ました。彼の申し出は拒否されたため、彼はルイブランチャードの名誉を引き継ぎ、フランス外人部隊に加わり、コンピエーニュでの第2休戦後、1941年に復員する前に北アフリカでの行動を見ました。その後、彼はフランスレジスタンス運動に参加し、自由フランスの指導者シャルル・ド・ゴールに加わるためにロンドンに向かう途中でピレネー山脈を越えようとした後、ドイツ人に逮捕されました。逮捕後、彼はフレンヌを含むさまざまな刑務所で過ごしました。彼の釈放後、彼はルイ・モニエという名前でフランスのレジスタンスグループOrganizationdeRésistancedansl “Armeeに加わりました。彼が所属していたチャールズ・マーテル旅団の別のメンバーは、1944年7月に殺害された従兄弟のジョアシャン・ミュラ王子でした。ルイ自身は1か月後、攻撃を受けた7人のパトロールの一環として重傷を負ったとき、わずかに死を免れました。彼は唯一の生存者でした。回復後、彼はアルパイン師団に加わり、後に装飾されました。
戦後、彼はスイスに住み、不規則にパリに住み、1950年にフランスの旧統治王朝の首脳に対する追放法が廃止されました。
ルイ王子は成功した実業家になり、アフリカに多くの経済的利益をもたらしました。 1951年、王子はナポレオンの「N」の記章が記された記念リースを、ドイツ皇帝ヴィルヘルム2世の息子であるドイツ皇太子ウィリアムの葬儀に送りました。これは、1870年の普仏戦争中にルイ・ナポレオン自身の皇室を打ち負かし、敗北させたのはドイツのホーエンツォレルン家であったことを考えると、当時の王族による皮肉なジェスチャーと見なされていました。
スイスのプランジャンでルイ王子が亡くなった後、彼は孫のジャンクリストフナポレオン王子を後継者として指名し、長男であるシャルルナポレオン王子を迂回しました。