Il club affonda le sue radici in un viaggio tra il 1889 e il 1890 di William K. Vanderbilt, Edward Meade e Duncan Cryder, a Biarritz, nel sud della Francia, dove incontrarono il campione di golf Willie Dunn , dalla Scozia, che stava costruendo un campo da golf nel resort.
Tornati negli Stati Uniti, Meade e Cryder hanno cercato un posto per un campo da golf vicino a New York City. Meade, noto per le sue buffonate di scambio di merci da cowboy, era convinto che lo stato di New York sarebbe stato il luogo ideale, ma Cryder preferiva un appezzamento di terreno a Yonkers. Alla fine, hanno scelto le colline sabbiose adiacenti alla Long Island Rail Road, appena ad est del canale di Shinnecock. Il lotto originale di 80 acri (32 ettari) è stato acquistato dagli sviluppatori per $ 2.500 e 44 membri originali si sono iscritti per $ 100 ciascuno.
Willie Davis, il professionista del club del Royal Montreal Club, ha progettato un 12 buche corso che ha aperto alla fine dellestate 1891. I membri della Shinnecock Indian Nation hanno aiutato a costruire il campo, che si trova sulla vasta distesa di terra che secondo la Nation gli è stata illegalmente sottratta dai primi coloni della zona nel 1859. Il Club oggi onora il suo legame alleredità della nazione con il suo emblema raffigurante un capo nativo americano. Stanford White ha progettato la clubhouse del 1892, considerata la più antica clubhouse di golf degli Stati Uniti. Un campo a nove buche per sole donne è stato progettato e costruito a Shinnecock Hills nel 1893, il primo campo da golf per donne nella storia americana.
1901
Nel 1894, Dunn arrivò e aggiunse altre sei buche portando il totale a 18. Nello stesso anno Dunn vinse il torneo che era un inaugurale tentativo di stabilire un campionato nazionale a Newport, Rhode Island, ma questa vittoria non è stata riconosciuta come ufficiale. Più tardi, nel 1894, Shinnecock Hills fu uno dei cinque club fondatori della United States Golf Association, con sede a New York City. La nuova USGA tenne il primo US Open nel 1895 a Newport, Rhode Island.
Nel 1896 lallora Shinnecock di 4.570 m (5.000 yd) ospitò il secondo US Open. Molti giocatori hanno rotto 80 nelle 36 buche, il che ha portato alla richiesta di aumentare la difficoltà del campo. AllOpen del 1896 ha partecipato il giocatore professionista nero John Shippen, ritenuto da molti storici il primo professionista del golf nato negli Stati Uniti.
Nel 1901 il percorso per donne fu incorporato in un percorso allungato e ridisegnato da Charles B. Macdonald e Seth Raynor, mantenendo cinque delle buche originali di Dunn.
William Flynn ampiamente ridisegnato il percorso nel 1931 in una configurazione di 6.740 yard (6.163 m). Il design di Flynn conserva cinque delle buche di Macdonald e Raynor, e il green di una sesta buca disegnata da quei due. Prima degli US Open 2004, il campo è stato esteso a una lunghezza di 6.996 iarde (6.397 m) con laggiunta di tee extra.
Shinnecock Hills si è classificato secondo nella classifica dei 100 migliori corsi di Golf Digest per 2007, 2008 e terzo nel 2009.
Il suo percorso è stato mantenuto e sono stati aggiunti diversi nuovi tee, in preparazione degli US Open 2018; il percorso è stato esteso a 7.440 yard, mantenendo il suo par di 70. Shinnecock Hills ospiterà gli US Open del 2026.
Il club mantiene anche un campo secondario a nove buche ad uso dei suoi membri.