Gli scienziati utilizzano tre diversi tipi di sonde FISH, ognuna delle quali ha unapplicazione diversa:
Le sonde specifiche del luogo si legano a una particolare regione di un cromosoma. Questo tipo di sonda è utile quando gli scienziati hanno isolato una piccola porzione di un gene e desiderano determinare su quale cromosoma si trova il gene o quante copie di un gene esistono allinterno di un particolare genoma.
Alphoid o le sonde di ripetizione centromerica sono generate da sequenze ripetitive trovate nel mezzo di ciascun cromosoma. I ricercatori utilizzano queste sonde per determinare se un individuo ha il numero corretto di cromosomi. Queste sonde possono anche essere utilizzate in combinazione con “sonde locus specifiche” per determinare se a un individuo manca materiale genetico da un particolare cromosoma.
Le sonde cromosomiche complete sono in realtà raccolte di sonde più piccole, ciascuna delle quali si lega una sequenza diversa lungo la lunghezza di un dato cromosoma. Utilizzando più sonde etichettate con una miscela di diversi coloranti fluorescenti, gli scienziati sono in grado di etichettare ogni cromosoma con il proprio colore unico. La mappa a colori risultante del cromosoma è nota come cariotipo spettrale. Le sonde cromosomiche complete sono particolarmente utili per esaminare le anomalie cromosomiche, ad esempio, quando un pezzo di un cromosoma è attaccato allestremità di un altro cromosoma.
Per molte applicazioni, FISH è stato ampiamente sostituito dalluso di microarray . Tuttavia, FISH rimane utile per alcuni test. FISH può anche essere utilizzato per studiare i confronti tra le disposizioni cromosomiche dei geni tra specie correlate.