Allo scoppio della seconda guerra mondiale, il principe Louis scrisse al primo ministro francese Édouard Daladier, offrendosi di prestare servizio nellesercito francese. La sua offerta fu rifiutata, e così assunse il nome di battaglia di Louis Blanchard e si unì alla Legione straniera francese, assistendo allazione in Nord Africa prima di essere smobilitato nel 1941, a seguito del Secondo Armistizio a Compiègne. Poi si unì alla Resistenza francese e fu arrestato dai tedeschi dopo aver tentato di attraversare i Pirenei mentre si recava a Londra per unirsi al leader francese libero Charles de Gaulle. Dopo il suo arresto, ha trascorso del tempo in varie prigioni, tra cui Fresnes. Dopo il suo rilascio, si unì al gruppo di resistenza francese Organization de Résistance dans l “Armee sotto il nome di Louis Monnier. Un altro membro della brigata Charles Martel a cui apparteneva era suo cugino Joachim, il principe Murat, ucciso nel luglio 1944. Il principe Lo stesso Louis scampò per un pelo alla morte un mese dopo quando, il 28 agosto, fu gravemente ferito come parte di una pattuglia di sette uomini che fu attaccata; era lunico sopravvissuto. Dopo la sua guarigione, entrò a far parte della Divisione Alpina e fu successivamente decorato per il coraggio.
Dopo la guerra visse in Svizzera e, in modo irregolare, a Parigi fino al 1950, quando fu abrogata la legge di esilio contro i capi delle precedenti dinastie francesi.
Il principe Louis divenne un uomo daffari di successo, con una serie di interessi finanziari in Africa. Nel 1951, il principe inviò una corona commemorativa recante le insegne napoleoniche “N” ai funerali di Guglielmo, principe ereditario tedesco, figlio del deposto Guglielmo II, imperatore tedesco. Questo era visto come un gesto ironico dai realisti dellepoca, dato che era stata la casa tedesca di Hohenzollern a sconfiggere e detronizzare la casa imperiale di Luigi Napoleone durante la guerra franco-prussiana nel 1870.
Dopo la morte del principe Louis a Prangins, in Svizzera, designò suo nipote, il principe Jean-Christophe Napoléon, come suo successore, scavalcando il figlio maggiore, il principe Charles Napoléon.