La colangite sclerosante primitiva è una condizione che colpisce i dotti biliari. Questi dotti trasportano la bile (un fluido che aiuta a digerire i grassi) dal fegato, dove viene prodotta la bile, alla cistifellea 
, dove viene immagazzinata, e allintestino tenue , dove aiuta la digestione. La colangite sclerosante primaria si verifica a causa dellinfiammazione dei dotti biliari (colangite) che porta alla formazione di cicatrici (sclerosi) e al restringimento dei dotti. Di conseguenza, la bile non può essere rilasciata nella cistifellea e nellintestino tenue e si accumula nel fegato .
La colangite sclerosante primitiva viene solitamente diagnosticata intorno alletà 40 e, per ragioni sconosciute, colpisce gli uomini il doppio delle donne. Molte persone non hanno segni o sintomi della condizione quando vengono diagnosticate, ma gli esami del sangue di routine rivelano problemi al fegato. Quando sono evidenti, i primi segni e sintomi di colangite sclerosante primitiva includono estrema stanchezza (affaticamento), fastidio alladdome e prurito grave (prurito). Con il peggioramento della condizione, gli individui affetti possono sviluppare un ingiallimento della pelle e del bianco degli occhi (ittero) e una milza ingrossata (splenomegalia). Alla fine, laccumulo di bile danneggia le cellule del fegato, causando malattie epatiche croniche (cirrosi) e insufficienza epatica. Senza la bile disponibile per digerirli, i grassi passano attraverso il corpo. Di conseguenza, possono verificarsi perdita di peso e carenza di vitamine che vengono assorbite e immagazzinate nei grassi (vitamine liposolubili). Una vitamina liposolubile chiamata vitamina D aiuta ad assorbire il calcio e aiuta le ossa a indurirsi e la mancanza di questa vitamina può causare lassottigliamento delle ossa (osteoporosi ) nelle persone con colangite sclerosante primaria.
La colangite sclerosante primitiva è spesso associata a unaltra condizione chiamata malattia infiammatoria intestinale, caratterizzata da infiammazione dellintestino che causa piaghe aperte (ulcere) nellintestino e dolore addominale. Tuttavia, il motivo di questo collegamento non è chiaro. Circa il 70% delle persone con colangite sclerosante primaria ha una malattia infiammatoria intestinale, più comunemente una forma della condizione nota come colite ulcerosa. Inoltre, le persone con colangite sclerosante primaria hanno maggiori probabilità di avere una malattia autoimmune, come il diabete di tipo 1, la celiachia o la tiroide, rispetto alle persone senza la condizione. Le malattie autoimmuni si verificano quando il sistema immunitario non funziona correttamente e attacca i tessuti e gli organi del corpo. Le persone con colangite sclerosante primitiva hanno anche un aumentato rischio di sviluppare il cancro, in particolare il cancro dei dotti biliari (colangiocarcinoma).