A klub gyökereit William K. Vanderbilt, Edward Meade és Duncan Cryder egy 1889–1890-es útjára vezeti vissza a dél-franciaországi Biarritzbe, ahol találkoztak a bajnok golfozóval, Willie Dunn-nal. , Skóciából, aki golfpályát épített az üdülőhelyen.
Az Egyesült Államokban Meade és Cryder egy golfpálya helyét kutatták New York közelében. A cowboy-árnyalatú árucikkekkel kereskedő Meade meg volt győződve arról, hogy New York állam feletti része lenne az ideális helyszín, de Cryder inkább egy parcellát választott Yonkersben. Végül a Shinnecock-csatornától keletre, a Long Island Rail Road mellett szomszédos homokdombokat választották. A 80 hektáros (32 ha) eredeti csomagot 2500 dollárért vásárolták meg a fejlesztők, és 44 eredeti tag regisztrált 100 dollárért.
Willie Davis, a Royal Montreal Club klubszakértője 12 lyukú tervet tervezett tanfolyam, amely 1891 nyarának végén nyílt meg. A Shinnecock indián nemzet tagjai segítették a tanfolyam felépítését, amely a nagy kiterjedésű földterületen fekszik, amelyet a Nemzet állításai szerint a terület korábbi telepesei illegálisan elvettek tőlük 1859-ben. indián főnököt ábrázoló emblémájával a Nemzet örökségéhez. Stanford White megtervezte az 1892-es klubházat, amely állítólag az Egyesült Államok legrégebbi golfklubja. A Shinnecock Hills-ben 1893-ban egy kilenclyukú, csak női pályát terveztek és építettek, amely az amerikai történelem első női golfpályája.
1901
1894-ben megérkezett Dunn, és további hat lyukkal egészítette ki az összértéket, így 18-ra emelkedett. Ugyanebben az évben Dunn megnyerte az alakuló versenyt. megkísérelt nemzeti bajnokságot létesíteni Newportban, Rhode Islanden, de ezt a győzelmet nem ismerte el hivatalosnak. Később, 1894-ben, a Shinnecock Hills az Egyesült Államok Golf Egyesületének öt alapító klubjának egyike volt, amelyet New Yorkban alapítottak. Az új USGA 1895-ben rendezte meg az első US Open-et Newportban, Rhode Islanden.
1896-ban az akkor 5000 000 (4570 m) Shinnecock adott otthont a második U.S. Open-nek. Sok játékos 80-at tört a 36 lyukú versenyen, ami a pálya nehézségeinek fokozásához vezetett. Az 1896-os Openen részt vett John Shippen fekete profi játékos, akiről sok történész úgy vélekedett, hogy ő volt az első USA-ban született golf szakember.
1901-ben a hölgyek tanfolyamát Charles B. Macdonald és Seth Raynor beépítették egy meghosszabbított és átalakított tanfolyamba, megtartva Dunn öt eredeti lyukát.
William Flynn alaposan átalakította Az 1931-es pálya 6740 yardos (6 163 m) kialakítású. Flynn tervei megtartják Macdonald és Raynor öt lyukát, és egy hatodik lyuk zöldjét. A 2004-es US Open előtt a pálya további pólók hozzáadásával 6.996 yardra (6.397 m) lett meghosszabbítva.
Shinnecock Hills a második helyen végzett a Golf Digest 100 legnagyobb tanfolyamának rangsorában 2007, 2008 és 2009-ben a harmadik.
Megmaradt az útvonala, és számos új pólót is felvettek a 2018-as US Open előkészítéseként; a tanfolyamot 7440 yardra bővítették, megtartva 70-es par értékét. A tervek szerint a Shinnecock Hills ad otthont a 2026-os US Opennek.
A klub kilenc lyukú másodpályát is fenntart a tagjai számára.