A második világháború kitörésekor Lajos herceg Édouard Daladier francia miniszterelnöknek írt, és felajánlotta szolgálatát a francia hadseregben. Ajánlatát elutasították, ezért átvette Louis Blanchard nevét, és csatlakozott a francia idegenlégióhoz, észak-afrikai akciókat látott, mielőtt 1941-ben leszerelték, a compiègne-i második fegyverszünetet követően. Ezután csatlakozott a francia ellenálláshoz, és a németek letartóztatták, miután Londonba igyekezett átjutni a Pireneusokon, hogy csatlakozzon Charles de Gaulle szabad francia vezetőhöz. Letartóztatását követően különböző börtönökben töltött időt, köztük Fresnes-ben. Szabadulását követően csatlakozott a Francia Ellenállási Szervezethez de Résistance dans l “Armee Louis Monnier néven. A Charles Martel dandár másik tagja, unokatestvére, Joachim, Murat herceg, akit 1944 júliusában meggyilkoltak. Maga Louis egy hónappal később alig szöktette meg a halált, amikor augusztus 28-án súlyosan megsebesült egy támadásba került hétfős járőr részeként; ő volt az egyetlen túlélő. Felépülését követően csatlakozott az alpesi hadosztályhoz, majd később feldíszítették. bátorságért.
A háború után Svájcban, és szabálytalanul Párizsban élt 1950-ig, amikor hatályon kívül helyezték a Franciaország korábbi uralkodó dinasztiáinak fejével szembeni száműzetés törvényét.
Lajos herceg sikeres üzletember lett, számos pénzügyi érdekeltséggel rendelkezik Afrikában. 1951-ben a herceg a napóleoni “N” jelvényeket viselő emlékkoszorút Vilmos német koronaherceg, II. Wilhelm leváltott német császár fia temetésére küldte. Ezt az akkori rojalisták ironikus gesztusnak tekintették, tekintettel arra a tényre, hogy a Hohenzollern német ház győzte le és trónfosztotta Louis Napoleon saját császári házát az 1870-es francia-porosz háború alatt.
Lajos herceg halálát követően a svájci Pranginsban unokáját, Jean-Christophe Napoléon herceget nevezte ki utódjának, megkerülve idősebb fiát, Napoléon Károly herceget.