Amerika legnagyobb indiai harcosa
A polgárháború végével az amerikai önkéntesek állampolgári katonái feloszlottak . Custer visszatért a rendes hadsereg kapitányi rangjára, bár alezredessé léptették elő, és az újonnan megalakult 7. amerikai lovasezred parancsnoka lett. 1866-ban Custer és 7. lovassága jelentést tett Nyugat-Kansasnak, hogy részt vegyen Winfield S. Hancock vezérőrnagy expedíciójában, hogy az amerikai hadsereg katonai erejével féltje az ellenséges síkság indiánjait. Mivel Custer nem tudott sikeresen alkalmazkodni az indiai hadviseléshez, szabálytalanul kezdett el cselekedni. Dezertőröket parancs nélkül lelőtt. Ahelyett, hogy a Wallace erődön várta volna az utánpótlást, otthagyta ezredét, és Fort Rileybe ment, hogy meglátogassa feleségét. A Fort Leavenworth hadbírósága 1867-ben kötelességszegésben bűnösnek találta Custert, és egy évre felfüggesztette a rangtól és a fizetéstől.
Custer és felesége, Elizabeth (Libbie) Bacon Custer mélységesen elkötelezettek voltak egymás iránt, és különélve hosszú szenvedélyes leveleket írtak. Partnerek voltak Custer romantikus dicsőség- és hírszerzésében, a lovas és a hölgy szerepét játszották. Állítólag Custer színházi jelenléttel és érzékenységgel rendelkezett. Parfümözte lépcsőzetes szőke haját, és kiegészítette gyakran speciális egyenruháját (a polgárháború idején egy brokatált bársonykabáttól a nyugati határőr bakikig), piros nyakkendővel és nagy széles karimájú sapkával (amely szép bőrét is megvédte) leégés).
A hadsereg képtelensége a síkság indiánjainak leigázására késztette Custer feletteseit arra, hogy az agresszív ösztöneivel rendelkező katonáknak második esélyt adjanak. A hadbírósági ítélet lejárta előtt visszatették szolgálatába, és 1868 szeptemberében újra csatlakozott Kansas délnyugati részén a 7. lovassághoz. Novemberben parancsnoksága meglepte és elpusztította Fekete-vízforraló déli szejének főnökének a Washita folyón lévő falut. (A Fekete vízforraló és emberei már 1864-ben a hadsereg vitatott meglepetésszerű támadásának a célpontjai voltak, amelyet Sand Creek-i mészárlásnak neveztek.) Ez a kissé kétes siker – úgy gondolják, hogy az indiánok többsége nő, gyermek és idősebb ember volt. emberek, nem harcosok – ez volt a hadsereg első nagy győzelme a dél-alföldi törzsek felett a polgárháborút követően, és ez megalapozta Custer hírnevét Amerika legnagyobb indiai harcosaként, amelyet jól megtartott, miután a hadsereg más tisztjeinek kiaknázása meghaladta az övéit.
1874-ben Custer expedíciót vezetett, hogy megvizsgálja az aranybetétekről szóló pletykákat a Dakota Terület Fekete-dombságában (ma Dél-Dakota nyugati részén és Wyoming északkeleti részén). A régiót szerződés szerint elismerte a hatalmas Lakota Sioux szent vadászterülete. A Custer túlzó jelentései azonban aranymozgást váltottak ki, és az amerikai kormány arra utasította, hogy a sziúk és északi-szején szövetségeseik 1876. január 31-ig rezervátumokba költözzenek, vagy “ellenségesnek” minősüljenek.