A tudósok három különböző típusú FISH-szondát használnak, amelyek mindegyikének más-más alkalmazási területe van:
A lokusz-specifikus szondák egy kromoszóma. Ez a típusú szonda akkor hasznos, ha a tudósok elkülönítettek egy gén egy kis részét, és meg akarták állapítani, hogy a gén melyik kromoszómán található, vagy egy gén hány példánya létezik egy adott genomban.
Alphoid vagy centromer ismétlődő próbákat hoznak létre az egyes kromoszómák közepén található ismétlődő szekvenciákból. A kutatók ezeket a szondákat használják annak megállapítására, hogy az egyén rendelkezik-e a helyes kromoszómaszámmal. Ezeket a próbákat “lokuszspecifikus próbákkal” kombinálva is fel lehet használni annak megállapítására, hogy hiányzik-e az egyén genetikai anyaga egy adott kromoszómából.
A teljes kromoszóma-próbák valójában kisebb próbák gyűjteményei, amelyek mindegyike kötődik más szekvencia az adott kromoszóma hosszában. Különböző fluoreszcens festékek keverékével jelölt több szonda segítségével a tudósok képesek mindegyik kromoszómát a saját egyedi színükön jelölni. Az így kapott kromoszóma színes térképe spektrális kariotípus néven ismert. Az egész kromoszóma-próbák különösen hasznosak a kromoszóma-rendellenességek vizsgálatához, például amikor az egyik kromoszóma egy darabja egy másik kromoszóma végéhez kapcsolódik.
Számos alkalmazásban a FISH-t jórészt mikrorangok használata váltotta fel. . A FISH azonban továbbra is hasznos néhány tesztnél. A FISH a gének kromoszomális elrendezésének összehasonlítására is használható a rokon fajok között.