A Délkeleti Egyetemet 1935-ben alapították New Brocktonban, Alabamában, az Alabama kerület főtanácsadója, J. C. Thames és más délkeleti körzet vezetői, mint Alabama Hit Pajzs Intézete. 1936-ban a South-Eastern Bible Institute (SEBI) névre keresztelték. Eredetileg az egykori középiskolai épületben, az alabamai New Brockton-ban állt, és 1935. november 4-én nyitotta meg kapuit a hallgatók előtt négy oktató irányításával. Két évvel később, 1937 májusában tartották az első érettségi gyakorlatokat. Tizenhét hallgató kapott oklevelet a kétéves tanulmányi programért.
A SEBI 1940-ig folytatta az órákat New Brocktonban, amikor döntés született az iskola konszolidációjáról a georgiai Atlantában található Beulah Heights Biblia Intézettel. Az iskolát 1940 és 1942 között Beulah Heights – Délkelet-Biblia Intézet néven ismerték. 1942 őszén a délkeleti körzetek körzeti felügyelői elfogadták Ralph Byrd tiszteletes és gyülekezete felkérését, hogy helyezzék át az iskolát Atlanta másik helyére, ahol ismét SEBI névre keresztelték. 1946-ban az iskola igazgatótanácsa megszavazta, hogy állandó helyet biztosítson az iskola teljes fejlesztésének. Ugyanebben az évben később egy új egyetemi helyet vásároltak a floridai Lakelandben. Az atlantai campust eladták, és az új telephely fejlesztése megtörtént. kezdődött. A hallgatói létszám növekedése folytatódott az új floridai középiskolában az akadémiai programmal együtt.
Bush-kápolna
A SEBI 1956-ban lett a délkeleti Biblia Főiskola, amikor az iskola négyéves alapképzési programokat kezdett kínálni. Az iskolai végzettség felvétele után a főiskola igazgatótanácsa 1977-ben megváltoztatta az iskola nevét Délkeleti Főiskolára az Isten Gyülekezeteiről. 1986-ban a Southeastern regionális akkreditációt kapott a Déli Főiskolai Szövetség és az Iskolák Főiskolai Bizottsága által. 1991-ben, 2001-ben és 2011-ben. 2005-ben a Southeastern College hivatalosan a Southeastern University lett, és elkezdte kínálni első mesterképzési programjait, és megalakította a művészeti és tudományos, üzleti, keresztény minisztériumi és vallási, valamint oktatási főiskolákat. Azóta az egyetem magatartás- és társadalomtudományi, valamint természettudományi és egészségtudományi főiskolákat is létrehozott. 2014-ben megkezdte első doktori programját, az EdD-t.
2011-ben a Southeastern számos kezdeményezést vállalt, amelyek gyors növekedést eredményeztek. A 2012-es 2500 tanulóból az iskola 2015 őszén 4538-ra bővült, ami 2011 óta 78% -os növekedési rátát jelent. 2012-ben a Southeastern jóváhagyta az ápolási program és az egyetemi futballcsapat felvételét. A futballbővítés magában foglalta egy 3500 nézőt befogadó stadion és egy atlétikai edzőközpont építését. A Southeastern Fire labdarúgócsapata első őszi meccsét 2014 őszén játszotta. 2014-ben az iskola új baseball- és focilétesítményeket nyitott. 2015-ben több új akadémiai épület, egy új atlétikai komplexum, köztük tornaterem és egy 8 sávos pálya építése kezdődött. 2015 őszén a Southeastern új, 27 000 négyzetméteres természeti és egészségtudományi épületet nyitott meg. Az új létesítmény magában foglal egy előadótermet, kémiai laboratóriumokat, számítógépes laboratóriumokat, vizsgaszobákat, betegellátó szobákat és egy ápolószimulációs laboratóriumot. 2015 nyarán lebontották a Spence Hall-ot, a Lindsey Science Building-t és a Music Hall-ot, hogy utat engedjenek a Buena Vida néven ismert Live / Learn létesítménynek. A 125 000 négyzetméteres létesítmény 2016 őszén készült el, és magában foglalja a tanteremeket, a kari irodákat, a diáklakásokat és az étkezési bíróságot. A Buena Vida első szakasza, a kórus- és próbaterem szeptemberben nyílt meg. A bővítési program teljes költsége 25 és 50 millió dollár között lesz.
A Southeastern 55 főiskolai, 16 mesterképzési és két doktori fokozatot kínál. Amióta Kent J. Ingle elnök 2011-ben délkeletre érkezett, az egyetem 80 kiterjesztési telephelyet indított el az egész országban, ami növekedést jelent az előző év 50 bővítési helyéhez képest. A telephelyek 29 államban találhatók, köztük Floridában, ahol 19-et. A helyszíneken kínált diplomák között különféle munkatársak, alapképzések és minisztériumi és vezetői diplomák találhatók.