Los científicos utilizan tres tipos diferentes de sondas FISH, cada una de las cuales tiene una aplicación diferente:
Las sondas específicas de locus se unen a una región particular de un cromosoma. Este tipo de sonda es útil cuando los científicos han aislado una pequeña porción de un gen y quieren determinar en qué cromosoma se encuentra el gen o cuántas copias de un gen existen dentro de un genoma en particular.
Alfoide o Las sondas de repetición centromérica se generan a partir de secuencias repetitivas que se encuentran en el medio de cada cromosoma. Los investigadores utilizan estas sondas para determinar si un individuo tiene el número correcto de cromosomas. Estas sondas también se pueden usar en combinación con «sondas específicas de locus» para determinar si a un individuo le falta material genético de un cromosoma en particular.
Las sondas de cromosomas completos son en realidad colecciones de sondas más pequeñas, cada una de las cuales se une a una secuencia diferente a lo largo de un cromosoma determinado. Usando múltiples sondas marcadas con una mezcla de diferentes tintes fluorescentes, los científicos pueden etiquetar cada cromosoma en su propio color único. El mapa resultante a todo color del cromosoma se conoce como cariotipo espectral. Las sondas de cromosomas completos son particularmente útiles para examinar anomalías cromosómicas, por ejemplo, cuando una parte de un cromosoma está adherida al final de otro cromosoma.
Para muchas aplicaciones, FISH ha sido reemplazado en gran medida por el uso de microarrays . Sin embargo, FISH sigue siendo útil para algunas pruebas. FISH también se puede utilizar para estudiar comparaciones entre los arreglos cromosómicos de genes en especies relacionadas.