La Southeastern University a été fondée en 1935 à New Brockton, en Alabama par le surintendant du district des Assemblies of God de lAlabama, J.C. Thames, et dautres dirigeants du district du sud-est sous le nom dAlabama Shield of Faith Institute. Il a été rebaptisé South-Eastern Bible Institute (SEBI) en 1936. Situé à lorigine dans un ancien lycée de New Brockton, Alabama, il a ouvert ses portes aux étudiants le 4 novembre 1935, sous la direction de quatre membres du corps professoral. Deux ans plus tard, en mai 1937, les premiers exercices de fin détudes ont eu lieu. Dix-sept étudiants ont reçu des diplômes pour le programme académique de deux ans.
SEBI a poursuivi ses cours à New Brockton jusquen 1940, date à laquelle une décision a été prise de consolider lécole avec le Beulah Heights Bible Institute à Atlanta, en Géorgie. Lécole était connue de 1940 à 1942 sous le nom de Beulah Heights — South-Eastern Bible Institute. À lautomne 1942, les surintendants de district des districts du sud-est ont accepté linvitation du révérend Ralph Byrd et de sa congrégation de déplacer lécole à un autre endroit à Atlanta où elle a été de nouveau renommée SEBI. En 1946, le conseil dadministration de lécole a voté pour obtenir un emplacement permanent pour le développement complet de lécole. Un nouvel emplacement sur le campus a été acheté plus tard dans lannée à Lakeland, en Floride. Le campus dAtlanta a été vendu et le développement du nouveau site La croissance du corps étudiant sest poursuivie sur le nouveau campus du centre de la Floride en même temps que le programme académique.
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SEBI est devenu le South-Eastern Bible College en 1956 lorsque lécole a commencé à offrir des programmes de licence de quatre ans. Après avoir ajouté des diplômes denseignement, le conseil dadministration du collège a changé le nom de lécole en Southeastern College of the Assemblies of God en 1977. En 1986, Southeastern a obtenu une accréditation régionale par la Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Laccréditation a été réaffirmée en 1991, 2001 et 2011. En 2005, le Southeastern College est officiellement devenu lUniversité du Sud-Est et a commencé à offrir ses premiers programmes de maîtrise et a formé les collèges des arts et des sciences, des affaires, des ministères chrétiens et de la religion et de léducation. Depuis lors, luniversité a également formé des collèges de sciences du comportement et sociales et de sciences naturelles et de la santé. En 2014, il a commencé son premier programme de doctorat, lEdD.
En 2011, Southeastern a entrepris plusieurs initiatives qui ont abouti à une croissance rapide. De 2 500 étudiants en 2012, lécole est passée à 4 538 à lautomne 2015, soit un taux de croissance de 78% depuis 2011. En 2012, Southeastern a approuvé lajout dun programme dinfirmières et lajout dune équipe de football collégial. Lexpansion du football comprenait la construction dun stade pouvant accueillir 3 500 spectateurs et dun centre dentraînement athlétique. Léquipe de football de Southeastern Fire a disputé son premier match à domicile à lautomne 2014. De plus, en 2014, lécole a ouvert de nouvelles installations de baseball et de soccer. En 2015, la construction de plusieurs nouveaux bâtiments académiques a commencé, un nouveau complexe sportif comprenant un gymnase et une piste à 8 voies. À lautomne 2015, Southeastern a ouvert un nouveau bâtiment des sciences naturelles et de la santé de 27 000 pieds carrés. La nouvelle installation comprend un auditorium, des laboratoires de chimie, des laboratoires informatiques, des salles dexamen, des salles de soins aux patients et un laboratoire de simulation infirmière. Lété 2015 a vu la démolition du Spence Hall, du Lindsey Science Building et du Music Hall afin de faire place au Live / Learn Facility, connu sous le nom de Buena Vida. Linstallation de 125 000 pieds carrés a été achevée à lautomne 2016 et comprend des salles de classe, des bureaux du corps professoral, des logements pour étudiants et une aire de restauration. Le premier segment de Buena Vida, la salle chorale et de répétition, a ouvert ses portes en septembre. Le coût total du programme dexpansion se situera entre 25 et 50 millions de dollars.
Southeastern propose 55 diplômes de licence, 16 maîtrises et deux doctorats. Depuis que le président Kent J. Ingle est arrivé dans le sud-est en 2011, luniversité a lancé 80 sites dextension à travers le pays, une augmentation par rapport aux 50 sites dextension de lannée précédente. Les sites se trouvent dans 29 États, dont la Floride, qui en compte 19. les diplômes offerts sur les sites comprennent une variété dassocié, de baccalauréat et une maîtrise en ministère et leadership.