Le terrain quoccupe maintenant Six Flags Hurricane Harbor Splashtown abritait, au début des années 1980, un parc à thème connu sous le nom de Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land na fonctionné que pendant deux saisons avant que ses propriétaires, Kings Entertainment Company, ne vendent le parc à des investisseurs privés. Le parc dattractions a vu tous ses manèges supprimés, les nouveaux propriétaires installant un parc aquatique avec plusieurs toboggans aquatiques. Une grande partie des bâtiments victoriens, des lampadaires et des aménagements paysagers du parc sont restés. Splashtown USA a ouvert ses portes au public peu de temps après.
Dans les années 1990, le parc a changé de propriétaire à deux reprises: dabord à la famille Morris en 1994, et puis à Six Flags en mai 1999. Lacquisition a été faite par Six Flags pour éliminer le parc de la concurrence de son parc aquatique Six Flags WaterWorld, également situé à Houston. Le parc a été rebaptisé Six Flags SplashTown en 2000.
À la suite de la fermeture de Six Flags WaterWorld et du Six Flags AstroWorld adjacent en octobre 2005, Six Flags a engagé une restructuration de Six Flags SplashTown, qui a entraîné la résiliation du directeur général du parc, directeur des opérations et directeur des services alimentaires début novembre 2005. En janvier 2006, il a été annoncé que lancien directeur des opérations de WaterWorld serait le nouveau directeur des opérations de Splashtown. Plusieurs des attractions de WaterWorld ont été déplacées à SplashTown. Le parc a subi un «lifting» ainsi quun nettoyage général pour le préparer à son ouverture, le 28 avril 2006. Lentrée a reçu un nouveau panneau, avec lajout de bâtiments rénovés et guichets.
En janvier 2007, Six Flags a annoncé que SplashTown, ainsi que six autres parcs, serait vendu pour un total de 312 millions de dollars. Laccord a vu Six Flags vendre les propriétés à PARC Management, qui en turn a vendu les propriétés à CNL Lifestyle Properties. CNL les louerait ensuite à PARC Management en vertu dun bail triple net de 52 ans. Cependant, moins de trois ans après le début des contrats de 52 ans, les CNL ont résilié leurs accords avec PARC Management en novembre 2010. Début 2011, le CNL a nommé Premier Attractions Management, LLC (maintenant Premier Parks, LLC) comme nouvel exploitant du parc. À lépoque, la société à responsabilité limitée était dirigée par danciens employés de Six Flags, Kieran Burke, lancien président et PDG, et Gary Story, lancien président et chef de lexploitation.
En novembre 2013, CNL Lifestyle Properties a acquis les droits de la marque Wet « n » Wild aux États-Unis auprès de la société australienne Village Roadshow Theme Parcs. Dans les mois qui ont suivi, CNL a renommé plusieurs de ses propriétés en parcs aquatiques Wet « n » Wild, y compris SplashTown Houston, qui est devenu Wet « n » Wild SplashTown. Le parc lui-même a fait lobjet dune rénovation de plusieurs millions de dollars.
À la fin de 2016, CNL Lifestyle Properties a annoncé quil vendait la propriété de quinze propriétés dattraction, y compris Wet « n » Wild Splashtown, ainsi que cinq petits centres de divertissement familiaux à EPR Properties pour environ 456 millions de dollars. La transaction a été finalisée en avril 2017. Premier Parks LLC est resté lopérateur.
Le 22 mai 2018, Six Flags a acquis les droits de location de Premier Parks LLC pour gérer plusieurs parcs appartenant à EPR Properties. Splashtown a été rénové pendant lintersaison et en 2019 a changé son nom pour Six Flags Hurricane Harbor Splashtown.
En raison des préoccupations croissantes de la pandémie COVID-19, Six Flags a annoncé une suspension des opérations dans toute lentreprise en mars 13, 2020. Six Flags Hurricane Harbour Splashtown devait ouvrir pour la saison 2020 le 22 mai, mais a publié une nouvelle date douverture le 29 juin. Le 26 juin, trois jours avant la nouvelle date douverture, le parc aquatique a annoncé que son la réouverture a été retardée indéfiniment afin de suivre les directives du gouvernement local du comté. Début août, les responsables du parc ont annoncé que la saison dexploitation 2020 avait été annulée et que Six Flags Hurricane Harbour Splashtown a hâte douvrir à nouveau en 2021. Ce serait la première saison pour le parc aquatique à ne pas fonctionner depuis sa création en 1984.