Le club trouve ses racines dans un voyage 1889–1890 de William K. Vanderbilt, Edward Meade et Duncan Cryder, à Biarritz, dans le sud de la France, où ils ont rencontré le champion de golf Willie Dunn , originaire dÉcosse, qui construisait un terrain de golf dans la station.
De retour aux États-Unis, Meade et Cryder ont cherché une place pour un terrain de golf près de New York. Meade, connu pour ses singeries cow-boy, était convaincu que le nord de lÉtat de New York serait lendroit idéal, mais Cryder préférait une parcelle de terrain à Yonkers. En fin de compte, ils ont choisi les collines de sable attenantes à la route ferroviaire de Long Island juste à lest du canal Shinnecock. La parcelle originale de 80 acres (32 ha) a été achetée aux développeurs pour 2 500 $ et 44 membres originaux se sont inscrits pour 100 $ chacun.
Willie Davis, le professionnel du club du Royal Montreal Club, a conçu un 12 trous cours qui a ouvert à la fin de lété 1891. Les membres de la nation indienne de Shinnecock ont aidé à construire le cours, qui se trouve sur la grande étendue de terre qui, selon la nation, leur a été illégalement enlevée par les premiers colons de la région en 1859. Le Club honore aujourdhui son lien à lhéritage de la nation avec son emblème représentant un chef amérindien. Stanford White a conçu le club-house de 1892, considéré comme le plus ancien club-house de golf des États-Unis. Un parcours de neuf trous réservé aux femmes a été conçu et construit à Shinnecock Hills en 1893, le premier parcours de golf pour femmes de lhistoire américaine.
1901
En 1894, Dunn est arrivé et a ajouté six trous supplémentaires portant le total à 18. Cette même année, Dunn a remporté le tournoi qui était une inauguration tentative détablir un championnat national à Newport, Rhode Island, mais cette victoire na pas été reconnue comme officielle. Plus tard en 1894, Shinnecock Hills était lun des cinq clubs fondateurs de la United States Golf Association, établie à New York. La nouvelle USGA a organisé le premier US Open en 1895 à Newport, dans le Rhode Island.
En 1896, le Shinnecock, alors à 5 000 yd (4 570 m), a accueilli le deuxième US Open. De nombreux joueurs ont cassé 80 dans lépreuve de 36 trous, ce qui a conduit à des demandes pour augmenter la difficulté du parcours. Participant à lOpen de 1896 était le joueur professionnel noir John Shippen, considéré par de nombreux historiens comme le premier professionnel de golf né aux États-Unis.
En 1901, le parcours pour femmes a été intégré à un parcours allongé et redessiné par Charles B. Macdonald et Seth Raynor, conservant cinq des trous dorigine de Dunn.
William Flynn a été entièrement repensé le parcours en 1931 dans une configuration de 6 740 verges (6 163 m). La conception de Flynn conserve cinq des trous de Macdonald et Raynor, et le green dun sixième trou conçu par ces deux-là. Avant lUS Open 2004, le parcours a été étendu à une longueur de 6 996 verges (6 397 m) par lajout de tees supplémentaires.
Shinnecock Hills a été classé deuxième au classement des 100 plus grands parcours de Golf Digest pour 2007, 2008 et troisième en 2009.
Son tracé a été conservé et plusieurs nouveaux départs ont été ajoutés, en préparation de lUS Open 2018; le parcours a été prolongé à 7440 verges, conservant son normal de 70. Shinnecock Hills devrait accueillir lUS Open 2026.
Le club maintient également un parcours secondaire de neuf trous à lusage de ses membres.