Les scientifiques utilisent trois types différents de sondes FISH, chacune ayant une application différente:
Les sondes spécifiques à un locus se lient à une région particulière dun chromosome. Ce type de sonde est utile lorsque les scientifiques ont isolé une petite partie dun gène et veulent déterminer sur quel chromosome se trouve le gène, ou combien de copies dun gène existent dans un génome particulier.
Alphoïde ou les sondes de répétition centromériques sont générées à partir de séquences répétitives trouvées au milieu de chaque chromosome. Les chercheurs utilisent ces sondes pour déterminer si un individu possède le nombre correct de chromosomes. Ces sondes peuvent également être utilisées en combinaison avec des «sondes spécifiques de locus» pour déterminer si un individu manque de matériel génétique dun chromosome particulier.
Les sondes chromosomiques entières sont en fait des collections de sondes plus petites, chacune se liant à une séquence différente sur la longueur dun chromosome donné. En utilisant plusieurs sondes marquées avec un mélange de différents colorants fluorescents, les scientifiques sont capables de marquer chaque chromosome dans sa propre couleur unique. La carte en couleur résultante du chromosome est connue sous le nom de caryotype spectral. Les sondes chromosomiques entières sont particulièrement utiles pour examiner les anomalies chromosomiques, par exemple, lorsquun morceau dun chromosome est attaché à lextrémité dun autre chromosome.
Pour de nombreuses applications, FISH a été largement remplacé par lutilisation de microréseaux . Cependant, FISH reste utile pour certains tests. FISH peut également être utilisé pour étudier des comparaisons entre les arrangements chromosomiques de gènes entre espèces apparentées.