Vuonna 1955 Ing. Karel Hartl alkoi harkita Karpaattien harmaiden susien ylittämistä saksalaisen paimenen (saksalainen: Deutscher Schäferhund, tšekki: Německý ovčák, slovakki: Nemecký ovčiak) kanssa tieteellisenä kokeena Tšekkoslovakian armeijan kenneleissä. Muutama vuosi myöhemmin syntyi kuitenkin idea uuden rodun perustamisesta. Ensimmäiset Brita-naisen ja Cézar-nimisen saksanpaimenkoiran ensimmäiset hybridit syntyivät 26. toukokuuta 1958 Libějovicessa.
Ensimmäisen sukupolven pennut muistuttivat sutta ulkonäöltään ja käyttäytymiseltään. Heidän kasvatuksensa oli vaikeaa; harjoittelu oli mahdollista, mutta tulokset tuskin vastasivat ponnisteluja. Aikuisuudessa heidät kasvatettiin jälleen saksanpaimenkoirien kanssa, mikä vähensi suden veren osuutta 6,25 prosenttiin neljännen sukupolven aikana. Suurin osa kolmannen ja neljännen sukupolven yksilöistä pystyi käymään normaalia kurssia, ja heidät saatettiin sijoittaa palvelutyöhön. Koiriin verrattuna heillä oli paremmat navigointitaidot, yönäkö, kuulo ja haju. Kestävyystesteissä hybridit suorittivat koko 100 km: n reitin loppuun.
Luento Ing. Karel Hartl, ”Susien koirien risteytyksen tulokset”, herätti suurta huomiota kesäkuussa 1965 Brnossa ja Prahassa järjestetyssä maailman koiranäyttelyssä Fédération Cynologique Internationalen (FCI) ja kansainvälisen kinologisen kongressin vuosikokouksessa. Seuraavana vuonna Ing. Hartl laati luonnoksen standardiksi uudesta koirarodusta. Susi Britan parittelu saksanpaimenkoira Kurtin kanssa loi sitten toisen linjan perustan. Kolmas rivi tehtiin liittämällä susi Argoon SNB: n naispuolisen saksanpaimenkoiran Astan kanssa. Vuonna 1977 susi Sarika peitti rajavartijoiden kolmannen sukupolven hybridi-naisen nimeltä Xela; hän myös pariliutui rajavartijoiden naispuolisen Ortan kanssa.
Rotu-in-säätiö kuitenkin toistuvasti kieltäytyi tunnustamasta, ja 1970-luvulla suurin osa jalostuskoirista siirrettiin Slovakian armeijan kenneleihin Malackyn lähellä, varapäällikkö majuri František Rosíkin valvonnassa. Vuosina 1971–1981 pentueita syntyi vain Slovakiassa. Vuonna 1982 Brnoon perustettiin Tšekkoslovakian sudenkasvattajien klubi (Klub chovatelů československého vlčáka), jolla oli valta koko entisen Tšekkoslovakian alueella.
Vuonna 1982 rodun esitti jälleen František Rosík tunnustettavaksi. Tšekkoslovakian sudenkasvattajien klubin (nyt jaettu Tšekin ja Slovakian rodun seuraan) kautta, ja tällä kertaa Tšekkoslovakian kasvattajien yhdistykset tunnustivat sen kansalliseksi roduksi. Viimeinen susi veren lisäys tapahtui vuonna 1983. Susi Lejdy Ohradan eläintarha Hluboká nad Vltavoussa synnytti uuden rodun viimeisen linjan, pentujen isänä oli saksanpaimenkoira Bojar von Shottenhof. Siitä lähtien jalostusta on harjoitettu vain suljetuissa populaatioissa ja kehittyneessä rodussa viitataan Tšekkoslovakian Wolfdogsina.
Vuonna 1989 se tunnustettiin väliaikaisesti FCI: n standardiksi nro 332, ryhmä 1, jakso 1. Se voitti ”maailmanmestarin” tittelin Brnon maailman koiranäyttelyssä vuonna 199 Kymmenen vuotta myöhemmin, vuonna 1999, rotu vahvisti elinkelpoisuutensa ja täytti kaikki FCI: n kriteerit ansaitsemalla tšekkoslovakialaisen susi-koirarodun täyden tunnustuksen.
Vuonna 2012 rotu oli 168 aikuista naista ja 170 Tšekin tasavallassa virallisesti rekisteröidyt aikuiset miehet. Tammikuusta 2014 alkaen eniten pentuja on rekisteröity vuosittain Italiassa (enintään kaksisataa), Tšekin tasavallassa (noin 100) ja Slovakiassa (noin 50). Rodun suosio kasvaa myös Isossa-Britanniassa, ja joukko tšekkoslovakialaisia sudenkoiria työskentelee etsinnässä ja pelastuksessa, jota tukee oma rodun klubi.