Maan, jonka Six Flags Hurricane Harbour Splashtown nyt käyttää, oli 1980-luvun alussa Hanna-Barbera Land -teemapuisto. Hanna-Barbera Land toimi vain kaksi vuodenaikaa, ennen kuin sen omistajat, Kings Entertainment Company, myivät puiston yksityisille sijoittajille. Huvipuistosta poistettiin kaikki kyydit, ja uudet omistajat asensivat vesipuiston, jossa oli useita vesiliukumäkiä. Suuri osa puiston viktoriaanisista rakennuksista, katuvalot ja maisemointi säilyivät. Splashtown USA avattiin yleisölle pian sen jälkeen.
1990-luvulla puisto vaihtoi omistajaa kahdesti: ensin Morris-perheelle vuonna 1994 ja sitten Six Flagsille toukokuussa 1999. Yritysosto toteutettiin Six Flags -yrityksen toimesta, jotta puisto ei kilpailisi sen Six Flags WaterWorld -vesipuistoon, joka sijaitsee myös Houstonissa. Puiston nimeksi tuli Six Flags SplashTown vuonna 2000.
Six Flags WaterWorldin ja viereisen Six Flags AstroWorldin sulkemisen jälkeen lokakuussa 2005 Six Flags osallistui Six Flags SplashTownin uudelleenjärjestelyyn, mikä johti puiston pääjohtajan, operatiivisen johtajan ja ruokapalvelupäällikön irtisanomiseen. marraskuun alussa 2005. Tammikuussa 2006 ilmoitettiin, että entinen WaterWorldin operatiivinen johtaja tulee olemaan uusi Splashtown Operations Manager. Useat WaterWorldin nähtävyyksistä siirrettiin SplashTowniin. Puistoon tehtiin ”kasvojenkohotus” sekä yleinen siivous valmistellakseen sitä avaamispäivälle 28. huhtikuuta 2006. Sisäänkäynti sai uuden kyltin, johon oli lisätty kunnostettuja rakennuksia ja lippukopit.
Tammikuussa 2007 Six Flags ilmoitti, että SplashTown ja kuusi muuta puistoa myydään yhteensä 312 miljoonalla dollarilla. Sopimuksessa Six Flags myi kiinteistöt PARC Managementille, joka turn myi kiinteistöt CNL Lifestyle Propertiesille. CNL vuokrasi kiinteistöt takaisin PARC Managementille 52 vuoden kolminkertaisen nettovuokrauksen perusteella. Kuitenkin alle kolmen vuoden kuluttua 52 vuoden sopimuksista, CNL irtisanoi sopimuksensa PARC Managementin kanssa marraskuussa 2010. CNL nimitti vuoden 2011 alussa puiston uusiksi operaattoreiksi Premier Attractions Management, LLC: n (nykyisin Premier Parks, LLC), jonka tuolloin osakeyhtiötä johtivat entiset Six Flagsin työntekijät, entinen Kieran Burke. puheenjohtaja ja toimitusjohtaja sekä entinen toimitusjohtaja Gary Story.
Marraskuussa 2013 CNL Lifestyle Properties hankki oikeudet Wet ”n” Wild -merkkiin Yhdysvalloissa australialaiselta Village Roadshow -teemalta Puistot. Seuraavien kuukausien aikana CNL muutti useita ominaisuuksiaan Wet ”n” Wild -vesipuistoihin, mukaan lukien SplashTown Houston, josta tuli Wet ”n” Wild SplashTown. Puisto itsessään sai useita miljoonia dollareita kunnostuksen.
Vuoden 2016 lopulla CNL Lifestyle Properties ilmoitti myyvänsä viisitoista vetovoimaomaisuutta, mukaan lukien Wet ”n” Wild Splashtown, sekä viisi pientä perheen viihdekeskusta. EPR Propertiesille noin 456 miljoonalla dollarilla. Kauppa saatiin päätökseen huhtikuussa 2017. Premier Parks LLC pysyi operaattorina.
22. toukokuuta 2018 Six Flags hankki vuokrausoikeudet Premier Parks LLC: ltä useiden EPR Propertiesin omistamien puistojen hoitamiseksi. Splashtown kunnostettiin sesongin ulkopuolella ja muutti nimensä vuonna 2019 Six Flags Hurricane Harbor Splashtowniksi.
COVID-19-pandemian kasvavien huolenaiheiden vuoksi Six Flags ilmoitti toiminnan keskeyttämisestä koko yrityksessä maaliskuussa. 13. toukokuuta 2020. Six Flags Hurricane Harbour Splashtownin oli määrä avautua kaudelle 2020 22. toukokuuta, mutta se julkaisi uuden avaamispäivän 29. kesäkuuta. Vesipuisto ilmoitti 26. kesäkuuta, kolme päivää ennen uutta avaamispäivää, että sen uudelleen avaamista lykättiin loputtomiin paikallisen lääninhallituksen ohjeiden noudattamiseksi. Elokuun alussa puiston virkamiehet ilmoittivat, että vuoden 2020 toimintakausi oli peruutettu ja että Six Flags Hurricane Harbour Splashtown toivoo avautuvan jälleen vuonna 2021. Tämä olisi ensimmäinen kausi, jolloin vesipuisto ei toimi sen perustamisen jälkeen vuonna 1984.