Roomalaisina aikoina luolaa käytettiin keisari Tiberiuksen henkilökohtaisena uimareikänä sekä meritemppelinä. Tiberius muutti Rooman pääkaupungista Caprin saarelle vuonna 27 jKr. Tiberius ”-kauden aikana luola koristeltiin useilla patsailla sekä lepoalueilla luolan reunan ympärillä. Kolme Rooman merijumalien Neptunuksen ja Tritonin patsaita otettiin talteen lattian lattiasta vuonna 1964 ja ovat nyt esillä museo Anacaprissa. Seitsemän patsasjalustaa otettiin talteen myös lattialta vuonna 2009. Tämä viittaa siihen, että luolan pohjassa on vielä vähintään neljä patsaata. Roomalainen historioitsija Plinius Vanhin kuvasi luolan olevan asuttu Tritonin kanssa ”leikkimällä kuorella”. Nyt puuttuvat aseet palautetulla Triton-patsaalla – yleensä kuvattu kotilo-kuorella – viittaavat siihen, että vuonna 1964 palautetut patsaat ovat samat patsaat, jotka Plinius Vanhin näki 1. vuosisadalla jKr. Alkuperäisen Sinisen luolan rekonstruointien mukaan luolan seinissä on saattanut seisoa Tritonin patsaiden parvi, jota johtaa Neptunuksen patsas. Ympäristönsuojeluyhdistys Marevivo pyrkii palauttamaan Sinisen luolan muinaiselle kunnialle asettamalla samanlaiset kopiot patsaista sinne, missä ne alun perin seisoivat luolassa. Tämä projekti toteutetaan yhteistyössä Pompejin arkeologisen valvonnan kanssa.
Sinisen luolan pääluolan takaosassa kolme yhdistävää käytävää johtaa Sala dei Nomiin eli ”Huoneeseen nimiä”. , nimetty graffiti-allekirjoituksista, jotka kävijät ovat jättäneet vuosisatojen ajan. Kaksi muuta käytävää johtaa syvemmälle kallioihin saaren puolella. Uskottiin, että nämä käytävät olivat muinaisia portaikkoja, jotka johtivat keisari Tiberius ”palatsiin. Käytävät ovat kuitenkin luonnollisia, kapeita ja päättyvät sitten pitemmälle.
1700-luvulla paikalliset tunsivat luolan. Gradolana lähellä olevan Gradolan laskeutumispaikan jälkeen. Merimiehet ja saaren asukkaat välttivät sen, koska sanottiin, että siellä asuivat noidat ja hirviöt. Yleisö ”löysi” luolan uudelleen vuonna 1826 saksalaisen kirjailijan August vierailulla. Kopisch ja hänen ystävänsä Ernst Fries, jotka paikallinen kalastaja Angelo Ferraro vei luolalle.