Klubi seuraa juurensa William K. Vanderbiltin, Edward Meaden ja Duncan Cryderin matkasta 1889–1890 Biarritziin Etelä-Ranskassa, jossa he tapasivat golfaaja Willie Dunnin. , Skotlannista, joka rakensi golfkenttää lomakeskukseen.
Takaisin Yhdysvaltoihin Meade ja Cryder etsivät paikkaa golfkentälle lähellä New Yorkia. Meade, joka tunnetaan cowboy-ish-huijaustuotteistaan, oli vakuuttunut siitä, että New Yorkin osavaltio olisi ihanteellinen sijainti, mutta Cryder piti parempana maapalstaa Yonkersissa. Viime kädessä he valitsivat Long Island Rail Roadin vieressä olevat hiekkamäet Shinnecock-kanavan itäpuolella. 80 hehtaarin (32 hehtaarin) suuruinen paketti ostettiin kehittäjiltä 2 500 dollaria ja 44 alkuperäistä jäsentä ilmoittautui 100 dollaria.
Willie Davis, Royal Montreal Clubin klubiammattilainen, suunnitteli 12-reikäisen. kurssi, joka avattiin loppukesällä 1891. Shinnecock Indian Nationin jäsenet auttoivat rakentamaan kurssin, joka sijaitsee suurella maa-alueella, jonka maan aikaisemmat uudisasukkaat veivät Nationin laittomasti heiltä vuonna 1859. Klubi kunnioittaa tänään yhteyttä kansakunnan perintöön sen tunnuksella, joka kuvaa alkuperäiskansojen päällikköä. Stanford White suunnitteli vuoden 1892 klubitalon, jonka sanottiin olevan Yhdysvaltojen vanhin golfkerhotalo. Shinnecock Hillsille suunniteltiin ja rakennettiin yhdeksän reiän vain naisille tarkoitettu kenttä vuonna 1893, joka oli ensimmäinen historiallinen naisten golfkenttä.
1901
Vuonna 1894 Dunn saapui ja lisäsi vielä kuusi reikää, jolloin kokonaismäärä oli 18. Samana vuonna Dunn voitti turnauksen, joka oli avajaiset yrittää perustaa kansallista mestaruutta Newportissa, Rhode Islandilla, mutta tätä voittoa ei tunnustettu viralliseksi. Myöhemmin vuonna 1894 Shinnecock Hills oli yksi New Yorkiin perustetun Yhdysvaltojen golfyhdistyksen viidestä perustajaseurasta. Uusi USGA järjesti ensimmäisen U.S. Openin vuonna 1895 Newportissa, Rhode Islandilla.
Vuonna 1896 Shinnecock isännöi toista 5000 yd: n (4570 m) Shinnecockia toisen U.S. Monet pelaajat rikkoivat 80 36-reikäisessä turnauksessa, mikä johti vaatimuksiin radan vaikeuksien lisäämiseksi. Osallistumiseen 1896 Openiin osallistui musta ammattilaispelaaja John Shippen, jonka useat historioitsijat uskoivat olleen ensimmäinen Yhdysvalloissa syntynyt golfammattilainen.
Vuonna 1901 naisten B. B. kurssi sisällytettiin pidennettyyn ja uudelleen suunnitelmaan Charles B. Macdonald ja Seth Raynor, säilyttäen viisi Dunnin alkuperäistä reikää.
William Flynn suunnitteli laajasti uudelleen kurssi vuonna 1931 6740 jaardin (6 163 m) kokoonpanoon. Flynnin suunnittelussa on säilytetty viisi Macdonaldin ja Raynorin reikää ja näiden kahden suunnitteleman kuudennen reiän vihreä. Ennen vuoden 2004 US Open -kurssia pidennettiin 6 996 telakalle (6 397 m) lisäämällä ylimääräisiä t-paikkoja.
Shinnecock Hills sijoittui toiseksi Golf Digestin 100 parhaan kentän rankingissa 2007, 2008 ja kolmas vuonna 2009.
Sen reititys säilyi, ja useita uusia tissejä lisättiin vuoden 2018 US Openin valmistautumiseen; kurssi pidennettiin 7440 telakkaan pitäen parin 70. Shinnecock Hillsin on tarkoitus järjestää vuoden 2026 US Open.
Klubi ylläpitää myös yhdeksän reiän keskikurssia jäsentensä käyttöön.