Matthias Jakob Schleiden syntyi Hampurissa 5. huhtikuuta 1804. Hänen isänsä oli Hampurin kunnan lääkäri. Schleiden jatkoi oikeudellisia opintoja valmistuttuaan vuonna 1827. Sitten hän perusti oikeudellisen käytännön, mutta henkisen masennuksen ja itsemurhayrityksen jälkeen hän vaihtoi ammattia.
Hän opiskeli luonnontieteitä Göttingenin yliopistossa Göttingenissä Saksassa, mutta siirtyi vuonna 1835 Berliinin yliopistoon tutkimaan kasveja. Johann Horkel, Schleidenin setä, kannusti häntä opiskelemaan kasvien embryologiaa.
Pian hänen rakkautensa kasvitieteeseen kasvoi kokopäiväiseksi harrastukseksi. Schleiden halusi opiskella kasvien rakennetta mikroskoopilla. kasvitieteessä Jenan yliopistossa, hän kirjoitti Contributions to Our Knowledge of Phytogenesis (1838), jossa hän totesi, että kaikki kasvit koostuvat soluista. Biologian biologian merkitys on yhtä tärkeä kuin kemian atomiteorialla. Hän tunnisti myös skotlantilaisen kasvitieteilijän Robert Brownin vuonna 1831 löytämän solutumman merkityksen ja aisti sen yhteyden solujen jakautumiseen.
Hänestä tuli professori kasvitieteestä Dorpatin yliopistossa vuonna 1863. Hän päätyi siihen, että kaikki kasvinosat on valmistettu soluista ja että yhdestä solusta syntyy alkion kasvien organismi.
Hän kuoli Frankfurt am Mainissa 23. kesäkuuta 1881.
Die Entwickelung der Meduse (”Medusæn kehitys”), julkaisussa Schleidenin Das Meer