Mahalaukun limakalvon biopsianäyte diagnostisessa endoskopiassa antaa tietoa, jota ei voida saada muilla keinoilla. Yleisin indikaatio mahalaukun biopsialle on tarve tietää, onko potilas saanut Helicobacter pylori -infektion ja onko vatsa gastriittinen vai ei. Mahalaukun biopsianäytteiden mikroskooppinen tutkimus H. pylori -aseman lisäksi antaa tietoa mahalaukun gastriittiin liittyvien ja atrofiaan liittyvien vaurioiden asteesta, laajuudesta ja topografiasta. Nämä tiedot tarjoavat lisää mahdollisuuksia arvioida erilaisten mahahäiriöiden riskiä ja todennäköisyyttä. Nämä ovat: a) H. pyloriin liittyvän gastriitin vallitsevuus tai rajoittuminen antrumissa korreloi voimakkaasti mahahaavan ja erityisesti pohjukaissuolihaavan (gastriitin pohjukaissuolihaavan fenotyypin) lisääntyneen riskin kanssa. b) Atrofisen gastriitin (normaalien rauhasten menetys) esiintyminen mahalaukun alueella osoittaa matalan haavaumariskin ja myös potilaan kyvyn erittää happoa vähenemisen. c) Pitkälle edenneen atrofisen gastriitin ja suoliston metaplasian esiintyminen multifokaalisesti mahassa (pitkälle edennyt multifokaalinen atrofinen gastriitti) ja erityisesti pienemmässä kaarevuudessa ja kulmikkaassa lovessa ovat ominaisuuksia, jotka viittaavat mahalaukun neoplasioiden (gastriitin mahasyövän fenotyyppi) lisääntyneeseen riskiin ). d) Normaalin ja terveellisen mahalaukun limakalvon läsnäolo toisaalta viittaa äärimmäisen pieneen sekä mahahaavan että mahasyövän riskiin. H. pyloriin liittyvien gastriittisten vaurioiden diagnoosin lisäksi tavanomaiset mahabiopsiat voivat paljastaa löydöksiä, jotka viittaavat gastriitin erityismuotoihin, kuten eosinofiilinen, lymfosyyttinen, reaktiivinen tai granulomatoottinen gastriitti (esim. Crohnin gastriitti) tai Helicobacter heilmannii-gastriitti Tämän tyyppisiä gastriitteja voi satunnaisesti esiintyä pienellä osalla potilaita, joille tehdään diagnostinen gastroskopia vatsavaivojen vuoksi.