Toisen maailmansodan alkaessa prinssi Louis kirjoitti Ranskan pääministerille Édouard Daladierille tarjoten palvella Ranskan armeijassa. Hänen tarjouksestaan hylättiin, joten hän otti Louis Blanchardin nimimerkin ja liittyi Ranskan ulkomailleegioonan nähden toimintaa Pohjois-Afrikassa ennen kotiuttamista vuonna 1941 Compiègnessa tehdyn toisen aselevon jälkeen. Sitten hän liittyi Ranskan vastarintaliikkeeseen, ja saksalaiset pidättivät hänet yrittäessään ylittää Pyreneiden matkalla Lontooseen liittyäkseen Ranskan vapaan johtajan Charles de Gaullen joukkoon. Pidätyksensä jälkeen hän vietti aikaa useissa vankiloissa, mukaan lukien Fresnes. Vapautumisensa jälkeen hän liittyi Ranskan vastarintaryhmään Organization de Résistance dans l ”Armee nimellä Louis Monnier. Toinen Charles Martel -prikaatin jäsen, johon hän kuului, oli hänen serkkunsa Joachim, prinssi Murat, joka tapettiin heinäkuussa 1944. Prinssi Louis itse pääsi kapeasti kuolemasta kuukautta myöhemmin, kun hänet 28. elokuuta loukkaantui pahoin osana seitsemän miehen partiota, joka joutui hyökkäyksen kohteeksi; hän oli ainoa selviytyjä. Palautumisensa jälkeen hän liittyi Alppien divisioonaan ja hänet koristettiin myöhemmin rohkeudesta.
Sodan jälkeen hän asui Sveitsissä ja epäsäännöllisesti Pariisissa vuoteen 1950 asti, jolloin Ranskan entisten hallitsevien dynastioiden johtajia koskeva karkotuslakia kumottiin.
Prinssi Louisista tuli menestyvä liikemies, jolla oli useita taloudellisia etuja Afrikassa. Vuonna 1951 prinssi lähetti Napoleonin ”N” -merkinnällä varustetun muistoseppeleen saksalaisen kruununprinssin Williamin, erotetun Wilhelm II: n, Saksan keisarin pojan, hautajaisiin. Kuninkaalliset pitivät tuohon aikaan ironista elettä, kun otetaan huomioon, että juuri Saksan Hohenzollernin talo oli kukistanut ja valtaistuin Louis Napoleonin oman keisarillisen talon Ranskan ja Preussin sodan aikana vuonna 1870.
Prinssi Louisin kuoleman jälkeen Pranginsissa, Sveitsissä, hän nimitti pojanpoikansa, prinssi Jean-Christophe Napoléonin, seuraajaksi ohittamalla vanhemman poikansa, prinssi Charles Napoléonin.