Kaakkois-yliopiston perustivat vuonna 1935 New Brocktonissa, Alabamassa, Jumalan edustajakokoukset Alabaman piirin superintendentti J.C.Tames ja muut Kaakkoispiirin johtajat Alabaman uskonkilpi-instituuttina. Sen nimi muutettiin Kaakkois-Raamatun instituutiksi (SEBI) vuonna 1936. Alun perin entisessä lukiotalossa New Brocktonissa, Alabamassa, se avasi ovensa opiskelijoille 4. marraskuuta 1935 neljän tiedekunnan jäsenen johdolla. Kaksi vuotta myöhemmin, toukokuussa 1937, pidettiin ensimmäiset valmistumisharjoitukset. Seitsemäntoista opiskelijaa sai tutkintotodistukset kaksivuotisesta akateemisesta ohjelmasta.
SEBI jatkoi oppitunteja New Brocktonissa vuoteen 1940 asti, jolloin koulu päätettiin yhdistää Beulah Heights Bible Institutein kanssa Atlantassa Georgiassa. Koulu tunnettiin vuosina 1940–1942 nimellä Beulah Heights – Kaakkois-Raamatun instituutti. Syksyllä 1942 Kaakkoispiirien piirivalvojat hyväksyivät pastori Ralph Byrdin ja hänen seurakuntansa kutsun siirtää koulu toiseen paikkaan Atlantassa, jossa se nimettiin jälleen SEBI: ksi. Vuonna 1946 koulun hallitus äänesti pysyvän sijainnin varmistamiseksi koulun täydellistä kehittämistä varten. Uusi kampuspaikka ostettiin myöhemmin samana vuonna Lakelandissa Floridassa. Atlantan kampus myytiin ja uuden sivuston kehittäminen Opiskelijakunnan kasvu jatkui Floridan uudessa keskuskampuksella akateemisen ohjelman ohella.
Bush-kappeli
SEBI: stä tuli Kaakkois-Raamatun korkeakoulu vuonna 1956, kun koulu alkoi tarjota nelivuotisia kandidaatin tutkinto-ohjelmia. Koulutusasteen lisäämisen jälkeen yliopiston hallitus muutti koulun nimen Southeastern College of the Assemblies of Godiksi vuonna 1977. Vuonna 1986 Southeastern sai alueellisen akkreditoinnin Eteläisen korkeakoulujen ja koulujen toimikunnassa. Akkreditointi vahvistettiin uudelleen. vuosina 1991, 2001 ja 2011. Vuonna 2005 Southeastern Collegesta tuli virallisesti Kaakkois-yliopisto, ja se aloitti ensimmäisen maisteriohjelmansa tarjoamisen ja perusti taiteiden, liiketalouden, kristillisten ministeriöiden ja uskonnon sekä koulutuksen korkeakoulut. Siitä lähtien yliopisto on muodostanut myös käyttäytymis- ja yhteiskuntatieteiden sekä luonnontieteiden ja terveystieteiden korkeakoulut. Vuonna 2014 se aloitti ensimmäisen tohtoriohjelmansa, EdD: n.
Vuonna 2011 Southeastern teki useita aloitteita, jotka johtivat nopeaan kasvuun. Koulu laajeni vuoden 2012 2 500 opiskelijasta 4538: een syksyllä 2015, mikä on 78%: n kasvu vuodesta 2011. Vuonna 2012 Southeastern hyväksyi hoito-ohjelman lisäämisen ja yliopiston jalkapallojoukkueen lisäämisen. Jalkapallolaajennus sisälsi 3500 katsojan istuttavan stadionin ja urheiluharjoituskeskuksen rakentamisen. Southeastern Fire -jalkapallojoukkue pelasi ensimmäisen kotipelinsä syksyllä 2014. Lisäksi vuonna 2014 koulu avasi uudet baseball- ja jalkapallotilat. Vuonna 2015 aloitettiin useiden uusien akateemisten rakennusten, uuden urheilukompleksin, johon kuuluu kuntosali, ja 8-kaistaisen radan rakentaminen. Syksyllä 2015 Southeastern avasi uuden 27 000 neliöjalan luonnon- ja terveystieteiden rakennuksen. Uusi laitos sisältää auditorion, kemian laboratoriot, tietokonelaboratoriot, tenttitilat, potilashoitohuoneet ja imetyssimulaatiolaboratorion. Kesällä 2015 Spence Hall, Lindsey Science Building ja Music Hall purettiin, jotta Buena Vida tunnetaan Live / Learn-laitokseksi. 125 000 neliömetrin laitos valmistui syksyllä 2016, ja se sisältää luokkahuoneet, tiedekunnan toimistot, opiskelija-asunnot ja ruokahallin. Buena Vidan ensimmäinen segmentti, kuoro- ja harjoitussali, avattiin syyskuussa. Laajennusohjelman kokonaiskustannukset ovat 25-50 miljoonaa dollaria.
Southeastern tarjoaa 55 kandidaatin tutkintoa, 16 maisterin tutkintoa ja kaksi tohtorin tutkintoa. Siitä lähtien, kun presidentti Kent J. Ingle tuli Kaakkois-kaupunkiin vuonna 2011, yliopisto on perustanut 80 laajennuspaikkaa koko maassa, mikä on enemmän kuin edellisen vuoden 50 laajennuspaikkaa. Sivustot ovat 29 osavaltiossa, mukaan lukien Florida, jolla on 19. Sivustoilla tarjottavat tutkinnot sisältävät erilaisia apulais-, kandidaatti- ja maisterin tutkintoja ministeriössä ja johtamisessa.