Tausta: Vaikka promoottorimutaatioiden tiedetään aiheuttavan toiminnallisesti tärkeitä seurauksia geeniekspressiolle, promoottorianalyysi ei ole säännöllinen osa DNA-diagnostiikkaa.
Sisältö: Tämä katsaus kattaa promoottorimutaatioanalyysin eri tärkeät näkökohdat ja sisältää ehdotetun mallimenetelmän promoottorimutaatioiden tutkimiseksi. Promoottorisekvenssin vaihtelun karakterisointi sisältää kattavan tutkimuksen kirjallisuudesta ja tietokannoista ihmisen mutaatioista ja transkriptiotekijöistä. Fylogeneettistä jalanjälkeä käytetään myös arvioimaan kiinnostuksen kohteena olevan promoottorialueen oletettua merkitystä. Tätä in silico -analyysiä seuraa yleensä in vitro -funktionaaliset määritykset, joista transientteja ja stabiileja transfektiomäärityksiä pidetään kultastandardimenetelminä. Elektroforeettista liikkuvuutta ja supershift-määrityksiä käytetään tunnistamaan trans-vaikuttavat proteiinit, jotka oletettavasti ovat vuorovaikutuksessa kiinnostuksen kohteena olevan promoottorialueen kanssa. Lopuksi kromatiinin immunosaostusmääritykset ovat välttämättömiä vahvistamaan näiden proteiinien sitoutuminen in vivo promoottoriin.
Yhteenveto: Vaikka promoottorimutaatioanalyysi on monimutkainen, usein työläs ja vaikea suorittaa, se on olennainen osa tautia aiheuttavien promoottorimutaatioiden diagnoosissa ja parantaa ymmärrystäsi transkriptiosääntelyn roolista ihmisessä tauti. Suosittelemme, että rutiinilaboratoriot ja geenipromoottoritutkimukseen erikoistuneet tutkimusryhmät tekevät yhteistyötä yleisen tietämyksen ja geenipromoottorivirheiden diagnosoinnin lisäämiseksi.