Tutkijat käyttävät kolmea erityyppistä FISH-koetinta, joista kullakin on erilainen sovellus:
Locus-spesifiset koettimet sitoutuvat tietyn alueen kromosomi. Tämäntyyppinen koetin on hyödyllinen, kun tutkijat ovat eristäneet pienen osan geenistä ja haluavat määrittää, missä kromosomissa geeni sijaitsee tai kuinka monta kopiota geenistä tietyssä genomissa on.
Alphoid tai sentromeeriset toistokoettimet muodostetaan toistuvista sekvensseistä, jotka löytyvät kunkin kromosomin keskeltä. Tutkijat käyttävät näitä koettimia selvittääkseen, onko yksilöllä oikea määrä kromosomeja. Näitä koettimia voidaan käyttää myös yhdessä ”lokusspesifisten koettimien” kanssa sen määrittämiseksi, puuttuuko yksilöltä geneettistä materiaalia tietystä kromosomista.
Koko kromosomikoettimet ovat itse asiassa kokoelmia pienemmistä koettimista, joista jokainen sitoutuu erilainen sekvenssi tietyn kromosomin pituudelta. Käyttämällä useita koettimia, jotka on merkitty erilaisten fluoresoivien väriaineiden seoksella, tutkijat pystyvät merkitsemään jokaisen kromosomin omalla ainutlaatuisella värillään. Tuloksena oleva kromosomin täysvärikartta tunnetaan spektrikariotyypinä. Koko kromosomikoettimet ovat erityisen hyödyllisiä tutkittaessa kromosomaalisia poikkeavuuksia, esimerkiksi kun yhden kromosomin pala on kiinnitetty toisen kromosomin päähän. . FISH on kuitenkin edelleen hyödyllinen joissakin testeissä. FISH: ää voidaan käyttää myös vertailemaan sukulaislajien geenien kromosomijärjestelyjä.