Ensisijaisten Diencephalon-rakenteiden toiminnot
Thalamus on eräänlainen tiedonsiirtopaneeli, uskotaan toimia välittäjänä useiden subkortikaalisten alueiden ja aivokuoren välillä. Erityisesti jokainen aistijärjestelmä (hajuhaittaa lukuun ottamatta) sisältää talamisen ytimen, joka vastaanottaa aistisignaalit ja lähettää ne siihen liittyvälle primaariselle kortikaalialueelle. Talamuksella on myös tärkeä rooli unen ja herätyksen tilojen säätelyssä. Talamuksen ytimillä on vahvat vastavuoroiset yhteydet aivokuoren kanssa, muodostaen talamokortikoortalamipiirit, joiden uskotaan olevan yhteydessä tajuntaan. Talamuksella on tärkeä rooli kiihottumisen, tietoisuuden tason ja toiminnan säätelyssä. Talamuksen vaurioituminen voi johtaa pysyvään koomaan.
Subtalamus kytkeytyy globus pallidusiin, joka on telencephalonin tyvi. Se saa afferenttiset yhteydet substantia nigrasta ja striatumista ja säätelee luurankolihasten liikkeitä. viskeraalinen toiminta muiden aivojen alueiden ja autonomisen hermoston kautta. Se syntetisoi ja erittää tiettyjä neurohormoneja, joita usein kutsutaan hypotalamusta vapauttaviksi hormoneiksi, ja nämä puolestaan stimuloivat tai estävät aivolisäkehormonien eritystä. Hypotalamus kontrolloi kehon lämpötilaa, nälkää, jano, väsymystä, unta ja vuorokausisyklejä. Joitakin sen komponenttien toimintoja ovat käpylisäimen melatoniinin erittyminen (mukana vuorokausirytmeissä) sekä motoristen reittien ja tunteiden säätely.