La enfermedad granulomatosa crónica es un trastorno que hace que el sistema inmunológico funcione mal, lo que resulta en una forma de inmunodeficiencia. Las inmunodeficiencias son afecciones en las que el sistema inmunológico no puede proteger al cuerpo de invasores extraños como bacterias y hongos. Los individuos con enfermedad granulomatosa crónica pueden tener infecciones bacterianas y micóticas recurrentes. Las personas con esta afección también pueden tener áreas de inflamación (granulomas) en varios tejidos que pueden dañar esos tejidos. Las características de la enfermedad granulomatosa crónica generalmente aparecen por primera vez en la infancia, aunque algunas personas no muestran síntomas hasta más tarde en la vida.
Las personas con enfermedad granulomatosa crónica suelen tener al menos una infección bacteriana o fúngica grave cada 3 o 4 años. Los pulmones 
son el área de infección más frecuente; la neumonía es una característica común de esta afección. Las personas con enfermedad granulomatosa crónica pueden desarrollar un tipo de neumonía por hongos, llamada neumonitis por mantillo, que causa fiebre y dificultad para respirar después de la exposición a materiales orgánicos en descomposición como mantillo, heno u hojas muertas. La exposición a estos materiales orgánicos y los numerosos hongos involucrados en su descomposición hace que las personas con enfermedad granulomatosa crónica desarrollen infecciones fúngicas en sus pulmones. Otras áreas comunes de infección en personas con enfermedad granulomatosa crónica incluyen la piel, el hígado y los ganglios linfáticos .
La inflamación puede ocurrir en muchas áreas diferentes del cuerpo en personas con enfermedad granulomatosa crónica. Con mayor frecuencia, los granulomas se presentan en el tracto gastrointestinal y en el tracto genitourinario . En muchos casos, la pared intestinal está inflamada, lo que provoca una forma de enfermedad intestinal inflamatoria que varía en gravedad, pero que puede provocar dolor de estómago, diarrea, heces con sangre, náuseas y vómitos. Otras áreas comunes de inflamación en personas con enfermedad granulomatosa crónica incluyen el estómago, el colon y el recto, así como la boca, la garganta y la piel. Además, los granulomas dentro del tracto gastrointestinal pueden provocar la degradación de los tejidos y la producción de pus (abscesos). La inflamación en el estómago puede evitar que los alimentos pasen a los intestinos (obstrucción de la salida gástrica), lo que conduce a una incapacidad para digerir los alimentos. Estos problemas digestivos provocan vómitos después de comer y adelgazamiento. En el tracto genitourinario, la inflamación puede ocurrir en los riñones y la vejiga. La inflamación de los ganglios linfáticos (linfadenitis) y la médula ósea (osteomielitis), que producen células inmunitarias, pueden provocar un mayor deterioro del sistema inmunológico.
En raras ocasiones, las personas con enfermedad granulomatosa crónica desarrollan trastornos autoinmunitarios, que ocurren cuando el sistema inmunológico funciona mal y ataca los tejidos y órganos del propio cuerpo.
Los episodios repetidos de infección e inflamación reducen la esperanza de vida de las personas con enfermedades crónicas. enfermedad granulomatosa; sin embargo, con tratamiento, la mayoría de las personas afectadas viven hasta la edad adulta media o tardía.