Die Southeastern University wurde 1935 in New Brockton, Alabama, von den Superintendenten der Assemblies of God Alabama, J.C. Thames, und anderen Leitern des Southeastern District als Alabama Shield of Faith Institute gegründet. Es wurde 1936 in South-Eastern Bible Institute (SEBI) umbenannt. Ursprünglich in einem ehemaligen Schulgebäude in New Brockton, Alabama, untergebracht, öffnete es am 4. November 1935 unter der Leitung von vier Fakultätsmitgliedern seine Türen für Studenten. Zwei Jahre später, im Mai 1937, fanden die ersten Abschlussübungen statt. 17 Schüler erhielten Diplome für das zweijährige akademische Programm.
SEBI setzte den Unterricht in New Brockton fort, bis 1940 beschlossen wurde, die Schule mit dem Beulah Heights Bible Institute in Atlanta, Georgia, zu konsolidieren. Die Schule war von 1940 bis 1942 als Beulah Heights – South-Eastern Bible Institute bekannt. Im Herbst 1942 folgten die Bezirksvorsteher der südöstlichen Bezirke der Einladung von Rev. Ralph Byrd und seiner Gemeinde, die Schule an einen anderen Ort in Atlanta zu verlegen, wo sie erneut in SEBI umbenannt wurde. 1946 stimmte der Vorstand der Schule dafür, einen dauerhaften Standort für die vollständige Entwicklung der Schule zu sichern. Ein neuer Campusstandort wurde später in diesem Jahr in Lakeland, Florida, gekauft. Der Campus in Atlanta wurde verkauft und der neue Standort entwickelt Das Wachstum der Studentenschaft wurde auf dem neuen Campus in Zentralflorida zusammen mit dem akademischen Programm fortgesetzt.
Bush-Kapelle
SEBI wurde 1956 zum South-Eastern Bible College, als die Schule vierjährige Bachelor-Studiengänge anbot. Nach dem Hinzufügen von Bildungsabschlüssen änderte der Vorstand des Colleges 1977 den Schulnamen in Southeastern College der Assemblies of God. 1986 erhielt Southeastern eine regionale Akkreditierung durch die Kommission für Colleges der Southern Association of Colleges and Schools. Die Akkreditierung wurde erneut bestätigt 1991, 2001 und 2011. 2005 wurde das Southeastern College offiziell zur Southeastern University und begann, seine ersten Masterstudiengänge anzubieten. Es bildete die Colleges für Kunst und Wissenschaft, Wirtschaft, christliche Ministerien und Religion sowie Bildung. Seitdem hat die Universität auch die Hochschulen für Verhaltens- und Sozialwissenschaften sowie Natur- und Gesundheitswissenschaften gebildet. 2014 startete es sein erstes Doktorandenprogramm, das EdD.
Im Jahr 2011 unternahm Southeastern mehrere Initiativen, die zu einem schnellen Wachstum führten. Von 2.500 Schülern im Jahr 2012 wurde die Schule im Herbst 2015 auf 4.538 erweitert, was einer Wachstumsrate von 78% seit 2011 entspricht. 2012 genehmigte Southeastern die Aufnahme eines Pflegeprogramms und einer College-Football-Mannschaft. Die Fußballerweiterung beinhaltete den Bau eines Stadions mit 3.500 Zuschauern und eines Sporttrainingszentrums. Die Fußballmannschaft von Southeastern Fire bestritt im Herbst 2014 ihr erstes Heimspiel. Außerdem eröffnete die Schule 2014 neue Baseball- und Fußballanlagen. Im Jahr 2015 begannen die Bauarbeiten für mehrere neue akademische Gebäude, einen neuen Sportkomplex mit einer Turnhalle und eine achtspurige Strecke. Im Herbst 2015 eröffnete Southeastern ein neues 27.000 Quadratmeter großes Gebäude für Natur- und Gesundheitswissenschaften. Die neue Einrichtung umfasst ein Auditorium, Chemielabore, Computerlabors, Untersuchungsräume, Patientenpflegeräume und ein Pflegesimulationslabor. Im Sommer 2015 wurden die Spence Hall, das Lindsey Science Building und die Music Hall abgerissen, um Platz für die Live / Learn-Einrichtung zu machen, die als Buena Vida bekannt ist. Die 125.000 Quadratmeter große Anlage wurde im Herbst 2016 fertiggestellt und umfasst Klassenzimmer, Fakultätsbüros, Studentenwohnheime und einen Food Court. Das erste Segment von Buena Vida, der Chor- und Probensaal, wurde im September eröffnet. Die Gesamtkosten des Erweiterungsprogramms liegen zwischen 25 und 50 Millionen US-Dollar.
Southeastern bietet 55 Bachelor-Abschlüsse, 16 Master-Abschlüsse und zwei Doktorabschlüsse an. Seit Präsident Kent J. Ingle 2011 nach Southeastern kam, hat die Universität landesweit 80 Erweiterungsstandorte eingerichtet, eine Steigerung gegenüber den 50 Erweiterungsstandorten des Vorjahres. Die Standorte befinden sich in 29 Bundesstaaten, einschließlich Florida mit 19 Standorten An den Standorten angebotene Abschlüsse umfassen eine Vielzahl von Associate-, Bachelor- und Master-Abschlüssen in Ministerium und Führung.