Der Club geht auf eine Reise von William K. Vanderbilt, Edward Meade und Duncan Cryder von 1889 bis 1890 nach Biarritz in Südfrankreich zurück, wo sie auf den Golfmeister Willie Dunn trafen , aus Schottland, der im Resort einen Golfplatz baute.
Zurück in den USA suchten Meade und Cryder nach einem Platz für einen Golfplatz in der Nähe von New York City. Meade, bekannt für seine Cowboy-Possen, war überzeugt, dass der Bundesstaat New York der ideale Standort sein würde, aber Cryder bevorzugte ein Grundstück in Yonkers. Letztendlich entschieden sie sich für die Sandhügel neben der Long Island Rail Road östlich des Shinnecock-Kanals. Das 32 ha große Originalpaket wurde von Entwicklern für 2.500 USD gekauft, und 44 ursprüngliche Mitglieder haben sich für jeweils 100 USD angemeldet.
Willie Davis, der Clubprofi des Royal Montreal Club, entwarf ein 12-Loch-Paket Kurs, der im Spätsommer 1891 eröffnet wurde. Mitglieder der Shinnecock Indian Nation halfen beim Bau des Kurses, der sich auf der großen Fläche des Landes befindet, von der die Nation behauptet, dass sie ihnen 1859 von früheren Siedlern des Gebiets illegal genommen wurde. Der Club ehrt heute seine Verbindung zum Erbe der Nation mit seinem Emblem, das einen Häuptling der amerikanischen Ureinwohner darstellt. Stanford White entwarf das Clubhaus von 1892, das als ältestes Golfclubhaus der USA gilt. 1893 wurde in Shinnecock Hills, dem ersten Damengolfplatz in der amerikanischen Geschichte, ein 9-Loch-Platz nur für Damen entworfen und gebaut.
1901
1894 kam Dunn und fügte sechs weitere Löcher hinzu, wodurch sich die Gesamtzahl auf 18 erhöhte. Im selben Jahr gewann Dunn das Turnier, das eine Eröffnungsveranstaltung war Versuch, eine nationale Meisterschaft in Newport, Rhode Island, zu etablieren, aber dieser Sieg wurde nicht als offiziell anerkannt. Später im Jahr 1894 war Shinnecock Hills einer von fünf Gründungsclubs der in New York City gegründeten United States Golf Association. Die neue USGA veranstaltete 1895 die ersten US Open in Newport, Rhode Island.
1896 veranstaltete der damals 7070 m lange Shinnecock die zweiten US Open. Viele Spieler brachen 80 beim 36-Loch-Event, was zu Forderungen führte, die Schwierigkeit des Platzes zu erhöhen. An den 1896 Open nahm der schwarze Profispieler John Shippen teil, von dem viele Historiker glaubten, er sei der erste in den USA geborene Golfprofi gewesen.
1901 wurde der Damenkurs von Charles B. Macdonald und Seth Raynor in einen verlängerten und neu gestalteten Kurs integriert, wobei fünf von Dunns ursprünglichen Löchern erhalten blieben.
William Flynn wurde umfassend neu gestaltet Der Platz im Jahr 1931 wurde in eine Konfiguration von 6.163 m (6.740 Yard) umgewandelt. Flynns Entwurf enthält fünf der Löcher von Macdonald und Raynor und das Grün eines sechsten Lochs, das von diesen beiden entworfen wurde. Vor den US Open 2004 wurde der Platz durch Hinzufügen zusätzlicher Abschläge auf eine Länge von 6.397 m (6.996 Yards) erweitert.
Shinnecock Hills belegte in der Rangliste der 100 größten Golfplätze von Golf Digest den zweiten Platz 2007, 2008 und der dritte im Jahr 2009.
In Vorbereitung auf die US Open 2018 wurde das Routing beibehalten und mehrere neue Abschläge hinzugefügt. Der Kurs wurde auf 7.440 Yards erweitert, wobei das Par von 70 beibehalten wurde. In Shinnecock Hills sollen die US Open 2026 stattfinden.
Der Club unterhält außerdem einen Neun-Loch-Sekundärplatz, der von seinen Mitgliedern genutzt werden kann.