Bei Ausbruch des Zweiten Weltkriegs schrieb Prinz Louis an den französischen Premierminister Édouard Daladier und bot an, in der französischen Armee zu dienen. Sein Angebot wurde abgelehnt, und so übernahm er den Nom de Guerre von Louis Blanchard und trat der französischen Fremdenlegion bei, die in Nordafrika aktiv wurde, bevor er 1941 nach dem Zweiten Waffenstillstand in Compiègne demobilisiert wurde. Anschließend schloss er sich dem französischen Widerstand an und wurde von den Deutschen verhaftet, nachdem er versucht hatte, die Pyrenäen auf seinem Weg nach London zu überqueren, um sich dem freien französischen Führer Charles de Gaulle anzuschließen. Nach seiner Verhaftung verbrachte er einige Zeit in verschiedenen Gefängnissen, darunter in Fresnes. Nach seiner Freilassung trat er der französischen Widerstandsgruppe Organization de Résistance dans l „Armee unter dem Namen Louis Monnier bei. Ein weiteres Mitglied der Charles Martel Brigade, zu der er gehörte, war sein Cousin Joachim, Prinz Murat, der im Juli 1944 getötet wurde. Prinz Einen Monat später entkam Louis selbst knapp dem Tod, als er am 28. August im Rahmen einer angegriffenen siebenköpfigen Patrouille schwer verwundet wurde. Er war der einzige Überlebende. Nach seiner Genesung trat er der Alpendivision bei und wurde später ausgezeichnet Für Tapferkeit.
Nach dem Krieg lebte er in der Schweiz und unregelmäßig in Paris, bis 1950 das Verbannungsgesetz gegen die Köpfe der früheren herrschenden Dynastien Frankreichs aufgehoben wurde. Prinz Louis wurde ein erfolgreicher Geschäftsmann mit einer Reihe von finanziellen Interessen in Afrika. Im Jahre 1951 sandte der Prinz einen Gedenkkranz mit den napoleonischen „N“ -Insignien zur Beerdigung des deutschen Kronprinzen Wilhelm, Sohn des abgesetzten deutschen Kaisers Wilhelm II. Dies wurde von den damaligen Royalisten als ironische Geste angesehen, da es das deutsche Haus Hohenzollern war, das während des Deutsch-Französischen Krieges 1870 das eigene Kaiserhaus von Louis Napoleon besiegt und entthront hatte.
ach dem Tod von Prinz Louis in Prangins, Schweiz, ernannte er seinen Enkel, Prinz Jean-Christophe Napoléon, zu seinem Nachfolger, wobei er seinen älteren Sohn, Prinz Charles Napoléon, umging.