Amerikas bester indischer Kämpfer
Mit dem Ende des Bürgerkriegs lösten sich die Bürgersoldaten der US-Freiwilligen auf . Custer kehrte in den Rang eines Hauptmanns der regulären Armee zurück, obwohl er zum Oberstleutnant befördert wurde und stellvertretender Kommandeur des neu gebildeten 7. US-Kavallerieregiments wurde. 1866 meldeten sich Custer und seine 7. Kavallerie in West-Kansas, um an der Expedition von Generalmajor Winfield S. Hancock teilzunehmen, um feindliche Plains-Indianer mit der militärischen Stärke der US-Armee zu beeindrucken. Custer konnte sich nicht erfolgreich an die indische Kriegsführung anpassen und begann unberechenbar zu handeln. Er befahl Deserteuren, ohne Gerichtsverfahren erschossen zu werden. Anstatt darauf zu warten, dass die Vorräte in Fort Wallace geladen werden, gab er sein Regiment auf und ging nach Fort Riley, um seine Frau zu besuchen. Ein Kriegsgericht in Fort Leavenworth befand Custer 1867 wegen Fehlverhaltens für schuldig und suspendierte ihn für ein Jahr vom Rang und der Bezahlung.
Custer und seine Frau Elizabeth (Libbie) Bacon Custer waren einander zutiefst verpflichtet und schrieben lange leidenschaftliche Briefe, wenn sie getrennt wurden. Sie waren Partner in Custers romantischem Streben nach Ruhm und Ehre und spielten die Rollen des Kavaliers und seiner Frau. Custer soll eine theatralische Präsenz und Sensibilität gehabt haben. Er parfümierte sein kaskadierendes blondes Haar und ergänzte seine oft spezialisierten Uniformen (von einer brokatierten Samtjacke während des Bürgerkriegs bis zu den Wildledern eines Grenzgängers im Westen) mit einer roten Krawatte und einem großen Hut mit breiter Krempe (der auch seine helle Haut schützte) Sonnenbrand).
Die Unfähigkeit der Armee, die Plains-Indianer zu unterwerfen, veranlasste Custers Vorgesetzte, einem Soldaten mit seinen aggressiven Instinkten eine zweite Chance zu geben. Sie kehrten ihn zum Dienst zurück, bevor sein Kriegsgericht abgelaufen war, und im September 1868 trat er wieder der 7. Kavallerie im Südwesten von Kansas bei. Im November überraschte und zerstörte sein Kommando das Dorf des südlichen Cheyenne-Chefs Black Kettle am Washita River. (Black Kettle und sein Volk waren bereits 1864 Ziel eines umstrittenen Überraschungsangriffs der Armee, bekannt als Sand Creek Massacre.) Dieser etwas zweifelhafte Erfolg – die Mehrheit der Indianer soll Frauen, Kinder und ältere gewesen sein Menschen statt Krieger – war der erste große Sieg der Armee über die Stämme der Southern Plains nach dem Bürgerkrieg und begründete Custers Ruf als Amerikas bester indischer Kämpfer, den er gut behielt, nachdem die Heldentaten anderer Armeeoffiziere seine übertroffen hatten.
1874 leitete Custer eine Expedition, um Gerüchte über Goldvorkommen in den Black Hills des Dakota-Territoriums (jetzt im Westen von South Dakota und im Nordosten von Wyoming) zu untersuchen. Die Region war vertraglich als heiliges Jagdrevier der mächtigen Lakota Sioux anerkannt worden. Custers übertriebene Berichte lösten jedoch einen Goldrausch aus, und die US-Regierung wies an, dass die Sioux und ihre Verbündeten im Norden von Cheyenne bis zum 31. Januar 1876 in Reservate einziehen oder als „feindlich“ eingestuft werden sollten.