Wissenschaftler verwenden drei verschiedene Arten von FISH-Sonden, von denen jede eine andere Anwendung hat:
Ortsspezifische Sonden binden an eine bestimmte Region von a Chromosom. Diese Art von Sonde ist nützlich, wenn Wissenschaftler einen kleinen Teil eines Gens isoliert haben und bestimmen möchten, auf welchem Chromosom sich das Gen befindet oder wie viele Kopien eines Gens in einem bestimmten Genom vorhanden sind.
Alphoid oder Zentromere Wiederholungssonden werden aus sich wiederholenden Sequenzen erzeugt, die sich in der Mitte jedes Chromosoms befinden. Forscher verwenden diese Sonden, um festzustellen, ob ein Individuum die richtige Anzahl von Chromosomen hat. Diese Sonden können auch in Kombination mit „ortsspezifischen Sonden“ verwendet werden, um zu bestimmen, ob einem Individuum genetisches Material von einem bestimmten Chromosom fehlt.
Ganze Chromosomensonden sind tatsächlich Sammlungen kleinerer Sonden, an die jede bindet eine andere Sequenz entlang der Länge eines bestimmten Chromosoms. Mithilfe mehrerer Sonden, die mit einer Mischung verschiedener Fluoreszenzfarbstoffe markiert sind, können Wissenschaftler jedes Chromosom in seiner eigenen Farbe markieren. Die resultierende Farbkarte des Chromosoms ist als spektraler Karyotyp bekannt. Ganze Chromosomensonden sind besonders nützlich für die Untersuchung von Chromosomenanomalien, beispielsweise wenn ein Stück eines Chromosoms am Ende eines anderen Chromosoms angebracht ist.
Für viele Anwendungen wurde FISH weitgehend durch die Verwendung von Microarrays ersetzt . FISH bleibt jedoch für einige Tests nützlich. FISH kann auch verwendet werden, um Vergleiche zwischen den chromosomalen Anordnungen von Genen über verwandte Spezies hinweg zu untersuchen