1955 wurde Ing. Dr. Karel Hartl begann, die Überquerung eines Karpatengrauen Wölfs mit einem deutschen Schäferhund (deutsch: Deutscher Schäferhund, tschechisch: Německý ovčák, slowakisch: Nemecký ovčiak) als wissenschaftliches Experiment in den Militärzwingern in der Tschechoslowakei in Betracht zu ziehen. Einige Jahre später wurde jedoch die Idee geboren, eine neue Rasse zu gründen. Die ersten Hybriden einer Wolfsfrau namens Brita und eines deutschen Schäferhundes namens Cézar wurden am 26. Mai 1958 in Libějovice geboren.
Welpen der ersten Generation ähnelten in Aussehen und Verhalten dem Wolf. Ihre Erziehung war schwierig; Training war möglich, aber die Ergebnisse entsprachen kaum dem Aufwand. Im Erwachsenenalter wurden sie erneut mit Deutschen Schäferhunden gezüchtet, wodurch der Anteil an Wolfsblut in der vierten Generation auf 6,25% sank. Die meisten Personen der dritten und vierten Generation konnten einen normalen Kurs besuchen und in die Serviceleistung versetzt werden. Im Vergleich zu Hunden hatten sie bessere Navigationsfähigkeiten, Nachtsicht, Gehör und Geruchssinn. In Ausdauertests beendeten Hybriden die gesamte 100 km lange Strecke, ohne erschöpft zu sein.
Ein Vortrag von Ing. Dr. Karel Hartl, „Ergebnisse der Kreuzung von Wölfen mit Hunden“, machte auf der Weltausstellung im Juni 1965 in Brno und in Prag auf der Jahrestagung der Fédération Cynologique Internationale (FCI) und des Internationalen Zynologischen Kongresses auf sich aufmerksam. Im folgenden Jahr wurde Ing. Hartl hat einen Standardentwurf für eine neue Hunderasse zusammengestellt. Die Paarung des Wolfes Brita mit dem Deutschen Schäferhund Kurt bildete dann die Grundlage für eine zweite Linie. Eine dritte Linie wurde gemacht, indem man sich dem Wolf Argo mit der deutschen Schäferhundin Asta von der SNB anschloss. 1977 wurde eine Hybridfrau der dritten Generation namens Xela von den Grenzschutzbeamten vom Wolf Sarika gedeckt. Er paarte sich auch mit der weiblichen Orta der Grenzschutzbeamten.
Die Rasse verweigerte jedoch wiederholt die Anerkennung, und in den 1970er Jahren wurden die meisten Zuchthunde unter der Aufsicht des Vizekommandanten Major František Rosík in die slowakischen Militärzwinger in der Nähe von Malacky gebracht. In den Jahren 1971–1981 wurden Würfe nur in der Slowakei geboren. 1982 wurde in Brünn der Club der tschechoslowakischen Wolfshundezüchter (Klub chovatelů československého vlčáka) mit Autorität über das gesamte Gebiet der ehemaligen Tschechoslowakei gegründet.
1982 wurde die Rasse erneut von František Rosík zur Anerkennung vorgelegt durch den Club der tschechoslowakischen Wolfshundezüchter (jetzt unterteilt in tschechische und slowakische Zuchtclubs), und diesmal wurde er von den tschechoslowakischen Züchterverbänden als nationale Rasse anerkannt. Die letzte Zugabe von Wolfsblut erfolgte 1983. Der Wolf Lejdy des Ohrada Zoos in Hluboká nad Vltavou brachte die letzte Linie der neuen Rasse hervor, wobei der Vater der Welpen der Deutsche Schäferhund Bojar von Shottenhof war. Seitdem wurde die Zucht nur in geschlossenen Populationen durchgeführt und die entwickelte Rasse bezeichnet als tschechoslowakische Wolfshunde.
1989 wurde es vorläufig als FCI-Standard Nr. 332, Gruppe 1, Abschnitt 1 anerkannt. 199 gewann es den Titel „Weltmeister“ auf der Welthundeausstellung in Brno 0. Zehn Jahre später, 1999, bestätigte die Rasse ihre Lebensfähigkeit und erfüllte alle Kriterien der FCI, wodurch die tschechoslowakische Wolfshundrasse voll anerkannt wurde.
2012 zählte die Rasse 168 erwachsene Frauen und 170 Erwachsene Männer, die offiziell in der Tschechischen Republik registriert sind. Ab Januar 2014 sind die meisten Welpen jedes Jahr in Italien (bis zu zweihundert), in der Tschechischen Republik (ca. 100) und in der Slowakei (ca. 50) registriert. Die Rasse erfreut sich auch in Großbritannien wachsender Beliebtheit. Einige tschechoslowakische Wolfshunde arbeiten in Search and Rescue und werden von einem engagierten Breed Club unterstützt.