Southeastern University blev grundlagt i 1935 i New Brockton, Alabama af Assemblies of God Alabama District superintendent J.C. Thames og andre sydøstlige distriktsledere som Alabama Shield of Faith Institute. Det blev omdøbt til South-Eastern Bible Institute (SEBI) i 1936. Oprindeligt beliggende i en tidligere gymnasium i New Brockton, Alabama, åbnede det sine døre for studerende den 4. november 1935 under ledelse af fire fakultetsmedlemmer. To år senere, i maj 1937, blev de første eksamenøvelser afholdt. Sytten studerende modtog eksamensbeviser til det toårige akademiske program.
SEBI fortsatte undervisningen i New Brockton indtil 1940, da det blev besluttet at konsolidere skolen med Beulah Heights Bible Institute i Atlanta, Georgien. Skolen blev kendt fra 1940 til 1942 som Beulah Heights — South-Eastern Bible Institute. I efteråret 1942 accepterede distriktsinspektørerne i de sydøstlige distrikter invitationen fra pastor Ralph Byrd og hans menighed om at flytte skolen til et andet sted i Atlanta, hvor det igen blev omdøbt til SEBI. I 1946 stemte skolens bestyrelse for at sikre en permanent placering for den fulde udvikling af skolen. En ny campusplacering blev købt senere samme år i Lakeland, Florida. Atlanta-campus blev solgt og udvikling af det nye sted begyndte. Studenternes vækst fortsatte på den nye centrale Florida-campus sammen med det akademiske program.
Bush Chapel
SEBI blev South-Eastern Bible College i 1956, da skolen begyndte at tilbyde fireårige bacheloruddannelser. Efter at have tilføjet uddannelsesgrader ændrede kollegiets bestyrelse skolens navn til Southeastern College of the Assemblies of God i 1977. I 1986 blev Southeastern tildelt regional akkreditering af Southern Association of Colleges and Schools Commission on Colleges. Akkreditering blev bekræftet igen. i 1991, 2001 og 2011. I 2005 blev Southeastern College officielt Southeastern University og begyndte at tilbyde sine første kandidatuddannelser og dannede colleges for kunst og videnskab, business, kristne ministerier og religion og uddannelse. Siden da har universitetet også dannet colleges for adfærdsmæssige og samfundsvidenskabelige og natur- og sundhedsvidenskabelige videnskaber. I 2014 startede det sit første doktorgradsprogram, EdD.
I 2011 foretog Southeastern adskillige initiativer, som resulterede i hurtig vækst. Fra 2.500 studerende i 2012 udvidede skolen til 4.538 i efteråret 2015, en vækstrate på 78% siden 2011. I 2012 godkendte Southeastern tilføjelsen af et sygeplejeprogram og tilføjelsen af et college fodboldhold. Fodboldudvidelsen omfattede opførelse af et stadion med plads til 3.500 tilskuere og et atletisk træningscenter. Det sydøstlige Fire fodboldhold spillede deres første hjemmekamp i efteråret 2014. I 2014 åbnede skolen også nye baseball- og fodboldfaciliteter. I 2015 begyndte opførelsen af flere nye akademiske bygninger, et nyt atletisk kompleks inklusive et gymnastiksal og en 8-sporet bane. I efteråret 2015 åbnede Southeastern en ny 27.000 kvadratfod Natural and Health Sciences-bygning. Den nye facilitet inkluderer et auditorium, kemilaboratorier, computerlaboratorier, eksamenslokaler, patientplejelokaler og et sygeplejesimulationslaboratorium. Sommeren 2015 så nedrivningen af Spence Hall, Lindsey Science Building og Music Hall for at gøre plads til Live / Learn-faciliteten, kendt som Buena Vida. Anlægget på 125.000 kvadratmeter blev afsluttet i efteråret 2016 og inkluderer klasselokaler, fakultetskontorer, studenterboliger og en madret. Det første segment af Buena Vida, Kor- og repetitionshallen, åbnede i september. De samlede omkostninger ved udvidelsesprogrammet vil være mellem $ 25 og $ 50 millioner.
Southeastern tilbyder 55 bachelorgrader, 16 kandidatgrader og to doktorgrader. Siden præsident Kent J. Ingle kom til det sydøstlige i 2011, har universitetet lanceret 80 udvidelsessteder over hele landet, en stigning fra det foregående års 50 udvidelsessteder. Stederne er i 29 stater, inklusive Florida, som har 19. grader, der tilbydes på webstederne, inkluderer en række associerede, bachelor- og en kandidatgrad i ministerium og ledelse.