Det land, som Six Flags Hurricane Harbour Splashtown nu indtager, var i begyndelsen af 1980erne hjemsted for en forlystelsespark kendt som Hanna-Barbera Land. Hanna-Barbera Land fungerede kun i to sæsoner, før dets ejere, Kings Entertainment Company, solgte parken til private investorer. Forlystelsesparken fik fjernet alle sine forlystelser, hvor de nye ejere installerede et vandland med flere vandrutsjebaner. Meget af parkens victorianske bygninger, gadebelysning og landskabspleje forblev. Splashtown USA åbnede for offentligheden kort tid efter.
I 1990erne skiftede parken ejere to gange: først til Morris-familien i 1994 og derefter til Six Flags i maj 1999. Købet blev foretaget af Six Flags for at eliminere parken fra at være en konkurrent til dens Six Flags WaterWorld vandland, der også ligger i Houston. Parken blev omdøbt til Six Flags SplashTown i 2000.
Efter lukningen af Six Flags WaterWorld og de tilstødende Six Flags AstroWorld i oktober 2005 foretog Six Flags en omstrukturering af Six Flags SplashTown, hvilket resulterede i opsigelsen af parkens General Manager, Operations Manager og Food Service Manager i begyndelsen af november 2005. I januar 2006 blev det meddelt, at den tidligere Operations Manager for WaterWorld ville være den nye Splashtown Operations Manager. Flere af WaterWorlds attraktioner blev flyttet til SplashTown. Parken gennemgik en “ansigtsløftning” samt generel rengøring for at forberede den til åbningsdagen den 28. april 2006. Indgangen modtog et nyt skilt med tilføjelse af renoverede bygninger og i januar 2007 meddelte Six Flags, at SplashTown sammen med seks andre parker ville blive solgt for i alt 312 millioner dollars. I aftalen blev Six Flags solgt ejendommene til PARC Management, der i turn solgte ejendommene til CNL Lifestyle Properties. CNL ville derefter lease ejendommene tilbage til PARC Management under en 52-årig triple-net-lease. Efter mindre end tre år i de 52-årige kontrakter ophørte CNL dog deres aftaler med PARC Management i november 2010. I begyndelsen af 2011 udnævnte CNL Premier Attraction Management, LLC (nu Premier Parks, LLC) som de nye operatører af parken. På det tidspunkt blev aktieselskabet ledet af tidligere Six Flags-medarbejdere Kieran Burke, den tidligere formand og CEO, og Gary Story, den tidligere præsident og Chief Operating Officer.
I november 2013 erhvervede CNL Lifestyle Properties rettigheder til Wet “n” Wild-mærket i USA fra det australske firma Village Roadshow Theme Parker. I de følgende måneder ændrede CNL flere af sine ejendomme til Wet “n” Wild water parker, herunder SplashTown Houston, som blev Wet “n” Wild SplashTown. Selve parken modtog en renovering på flere millioner dollars.
I slutningen af 2016 meddelte CNL Lifestyle Properties, at de solgte ejerskab af femten attraktionsejendomme, inklusive Wet “n” Wild Splashtown sammen med fem små familieunderholdningscentre til EPR Properties for cirka 456 millioner dollars. Transaktionen blev afsluttet i april 2017. Premier Parks LLC forblev som operatør.
Den 22. maj 2018 erhvervede Six Flags leasingrettighederne fra Premier Parks LLC til at administrere flere parker ejet af EPR Properties. Splashtown blev renoveret i lavsæsonen og i 2019 skiftede navn til Six Flags Hurricane Harbor Splashtown.
På grund af COVID-19-pandemiens voksende bekymring annoncerede Six Flags en suspension af driften på tværs af virksomheden i marts 13. 2020. Six Flags Hurricane Harbour Splashtown var planlagt til at åbne for 2020-sæsonen den 22. maj, men udgav en ny åbningsdato den 29. juni. Den 26. juni, tre dage før den nye åbningsdato, meddelte vandlandet, at dens genåbning blev forsinket på ubestemt tid for at følge lokale amtsretningslinjer. I begyndelsen af august meddelte parkens embedsmænd, at driftssæsonen 2020 var annulleret, og at Six Flags Hurricane Harbour Splashtown ser frem til at åbne igen i 2021. Dette ville være den første sæson for vandlandet, der ikke fungerer siden starten i 1984.