Klubben sporer sine rødder til en rejse fra 1889–1890 af William K. Vanderbilt, Edward Meade og Duncan Cryder til Biarritz i det sydlige Frankrig, hvor de stødte på mester golfspilleren Willie Dunn , fra Skotland, der byggede en golfbane på resortet.
Tilbage i USA søgte Meade og Cryder efter et sted til en golfbane nær New York City. Meade, kendt for sine handelsvarer med cowboy-isse antics, var overbevist om, at upstate New York ville være det ideelle sted, men Cryder foretrak en jord i Yonkers. I sidste ende valgte de sandbakkerne, der støder op til Long Island Rail Road lige øst for Shinnecock-kanalen. Den originale pakke på 80 hektar (32 ha) blev købt fra udviklere for $ 2.500, og 44 originale medlemmer tilmeldte sig hver for $ 100.
Willie Davis, klubprofessionellen fra Royal Montreal Club, designede en 12-hullers kursus, der åbnede i sensommeren 1891. Medlemmer af Shinnecock Indian Nation hjalp med at bygge banen, der ligger på den store jordflade, som nationen hævder blev ulovligt taget fra dem af tidligere bosættere i området i 1859. Klubben ærer i dag sin forbindelse til nationens arv med dets emblem, der skildrer en indianerhøvding. Stanford White designet klubhuset 1892, der siges at være det ældste golfklubhus i USA. En ni-hullers kun kvinder-bane blev designet og bygget på Shinnecock Hills i 1893, den første damegolfbane i amerikansk historie.
1901
I 1894 ankom Dunn og tilføjede yderligere seks huller, hvilket bragte det samlede antal til 18. Samme år vandt Dunn turneringen, som var en indledende forsøg på at etablere et nationalt mesterskab i Newport, Rhode Island, men denne sejr blev ikke anerkendt som officiel. Senere i 1894 var Shinnecock Hills en af fem stiftende klubber i United States Golf Association, der var etableret i New York City. Den nye USGA afholdt det første U.S. Open i 1895 i Newport, Rhode Island.
I 1896 var den daværende 5.000 yd Shinnecock vært for det andet U.S. Open. Mange spillere brød 80 i 36-hullers-begivenheden, hvilket førte til krav om at øge banens vanskeligheder. Deltagelse i 1896 Open var den sorte professionelle spiller John Shippen, der af mange historikere blev anset for at have været den første USA-fødte golfproff.
I 1901 blev “damebanen” indarbejdet i en forlænget og redesignet bane af Charles B. Macdonald og Seth Raynor og bevarede fem af Dunns originale huller.
William Flynn redesignet i vid udstrækning Kurset i 1931 i en 6.640-yard (6.163 m) konfiguration. Flynns design bevarer fem af hullerne af Macdonald og Raynor og det grønne af et sjette hul designet af disse to. Forud for US Open i 2004 blev banen udvidet til en længde på 6.996 yards (6.397 m) ved tilføjelse af ekstra tees.
Shinnecock Hills blev rangeret som nummer to i Golf Digests 100 Greatest Courses Ranking for 2007, 2008 og tredje i 2009.
Dens routing blev bibeholdt, og der blev tilføjet flere nye tees som forberedelse til US Open 2018; banen blev udvidet til 7.440 yards og bibeholdt sin par på 70. Shinnecock Hills er planlagt til at være vært for US Open 2026.
Klubben opretholder også en ni-hullers sekundær bane til brug for sine medlemmer.