Den moderne by
I det 20. århundrede udvidede San Juan sig hurtigt ud over sine muromgange (nu kendt som Old San Juan) for at inkorporere forstæder Miramar, Santurce og Condado langs kysten såvel som det industrielle Hato Rey med dets store sportsstadion og det moderne økonomiske distrikt og byen Río Piedras straks mod sydøst. I 1980 omfattede hovedstadsområdet i San Juan de omkringliggende kommuner mod øst og vest og havde omkring en tredjedel af Puerto Ricos samlede befolkning; denne andel er vokset til to tredjedele af befolkningen. I et skridt til at decentralisere den gamle by blev mange regeringskontorer og agenturer flyttet over bugten, men guvernørens palads er fortsat i brug. Trafikbelastning blev et alvorligt problem, efterhånden som byen voksede, og i et forsøg på at reducere bilanvendelsen blev den første linje i et regionalt jernbanesystem med hurtig transit åbnet i 2004.
Storbyområdet San Juan er øens største industri- og forarbejdningscenter med faciliteter til raffinering af olie og sukker, tobaksforarbejdning, brygning og destillering af rom. Der produceres også cement, lægemidler, metalprodukter og tøj. San Juan er øens finansielle hovedstad, og mange amerikanske banker og virksomheder har kontorer eller distribueringscentre der. Turisme er en vigtig komponent i den lokale økonomi, hvor besøgende drages til det omfattende restaurerede Old San Juan-distrikt og områdets luksushotel (især i Condado). Havnen i San Juan håndterer både fragt og et stort antal krydstogtskibe, og byens internationale lufthavn (opkaldt efter Luis Muñoz Marín, øens første valgte guvernør) ligger lige uden for Old San Juan; begge faciliteter er blandt de travleste i Caribien.
Hovedcampus ved University of Puerto Rico (1903) ligger i Río Piedras barrio (afdeling) i San Juan. Medicinsk campus og andre faciliteter ved universitetet ligger også i San Juan. I 1957 blev universitetet hjemsted for Casals Festival (nu afholdt i Santurce, San Juans største boligforstad), grundlagt af Pablo Casals. Byens andre uddannelsesinstitutioner inkluderer University of the Sacred Heart (1935) og en campus for det interamerikanske universitet i Puerto Rico (1912). Puerto Rico Museum of Art, der kombinerer en ny struktur på fem etager med en tidligere hospitalsbygning, åbnede i 2000. Bemærkelsesværdige årlige begivenheder ud over Casals Festival er San Sebastian Street Festival i januar og San Juan Bautista (St. John Baptist) -festivalen i juni.