Primær skleroserende cholangitis er en tilstand, der påvirker galdegangene. Disse kanaler fører galden (en væske, der hjælper med at fordøje fedt) fra leveren, hvor der produceres galde, til galdeblæren 
, hvor den opbevares, og til tyndtarmen , hvor det hjælper med fordøjelsen. Primær skleroserende cholangitis opstår på grund af betændelse i galdegangene (cholangitis), der fører til ardannelse (sklerose) og indsnævring af kanalerne. Som et resultat kan galden ikke frigives til galdeblæren og tyndtarmen, og den ophobes i leveren .
Primær skleroserende cholangitis diagnosticeres normalt omkring alderen 40, og af ukendte årsager påvirker det mænd dobbelt så ofte som kvinder. Mange mennesker har ingen tegn eller symptomer på tilstanden, når de diagnosticeres, men rutinemæssige blodprøver afslører leverproblemer. Når det er tydeligt, inkluderer de tidligste tegn og symptomer på primær skleroserende kolangitis ekstrem træthed (træthed), ubehag i underlivet og svær kløe (kløe). Efterhånden som tilstanden forværres, kan berørte personer udvikle gulfarvning af huden og det hvide i øjnene (gulsot) og en forstørret milt (splenomegali). Til sidst beskadiger galdens ophobning levercellerne og forårsager kronisk leversygdom (skrumpelever) og leversvigt. Uden galde tilgængelig for at fordøje dem passerer fedt gennem kroppen. Som et resultat kan der forekomme vægttab og mangel på vitaminer, der absorberes med og opbevares i fedt (fedtopløselige vitaminer). Et fedtopløseligt vitamin kaldet vitamin D hjælper med at absorbere calcium og hjælper knoglerne med at hærde, og mangel på dette vitamin kan forårsage udtynding af knoglerne (osteoporose ) hos mennesker med primær skleroserende kolangitis.
Primær skleroserende kolangitis er ofte forbundet med en anden tilstand kaldet inflammatorisk tarmsygdom, som er karakteriseret ved betændelse i tarmene, der forårsager åbne sår (sår) i tarmene og mavesmerter. Årsagen til dette link er imidlertid uklar. Ca. 70 procent af mennesker med primær skleroserende cholangitis har inflammatorisk tarmsygdom, oftest en form for tilstanden kendt som colitis ulcerosa. Derudover er personer med primær skleroserende kolangitis mere tilbøjelige til at have en autoimmun lidelse, såsom type 1-diabetes, cøliaki eller skjoldbruskkirtel, end mennesker uden tilstanden. Autoimmune sygdomme opstår, når immunsystemet ikke fungerer korrekt og angriber kroppens væv og organer. Mennesker med primær skleroserende kolangitis har også en øget risiko for at udvikle kræft, især kræft i galdegangene (kolangiocarcinom).