Septalperforeringer håndteres med en lang række muligheder. Behandlingen afhænger ofte af sværhedsgraden af symptomer og perforationernes størrelse. Generelt er perforeringer i anterior septum mere generende og symptomatiske. Posterior perforeringer i septum, som hovedsageligt forekommer iatrogen, styres ofte med simpel observation og er til tider beregnet til dele af kranietbaseoperation. Septalperforeringer, der ikke er generende, kan håndteres med simpel observation. Mens ingen septalperforering spontant lukker, er de fleste septalperforeringer, der sandsynligvis ikke får større observation, en passende form for styring. For perforeringer, der bløder eller er smertefulde, bør den indledende behandling omfatte befugtning og anvendelse af salve i perforeringskanterne for at fremme heling. Mukosalisering af perforeringskanterne hjælper med at forhindre smerte og tilbagevendende epistaxis, og størstedelen af perforeringer i septum kan håndteres uden operation.
Til perforeringer, hvor anosmi eller lugttab og en vedvarende fløjte er et problem, brugen af en silikoneskilleknap er en behandlingsmulighed. Disse kan placeres, mens patienten er vågen og normalt i klinikken. Mens komplikationer ved indsættelse af knapper er minimale, kan tilstedeværelsen af knappen være generende for de fleste patienter.
For patienter, der ønsker endelig lukning, er kirurgi den eneste mulighed. Inden det bestemmes kandidatur til kirurgisk lukning, skal perforationens ætiologi bestemmes. Ofte kræver dette en biopsi af perforeringen for at udelukke autoimmune årsager. Hvis en kendt årsag som kokain er det krænkende middel, skal det sikres, at patienten ikke stadig bruger det irriterende.
For dem, der er fast besluttet på at blive medicinsk ryddet til operation, den anatomiske placering og størrelse af perforeringen skal bestemmes. Dette gøres ofte med en kombination af en CT-scanning af bihulerne uden kontrast og en endoskopisk evaluering af en øre-næse- og halslæge. Når dimensionerne er opnået, vil kirurgen beslutte, om det er muligt at lukke perforeringen. Flere metoder til at få adgang til septum er beskrevet i litteraturen. Mens sublabial og midfacial degloving tilgange er blevet beskrevet, er den mest populære i dag rhinoplasty tilgang. Dette kan omfatte både åbne og lukkede metoder. Den åbne metode resulterer i et ar på columella, men det giver mere synlighed for kirurgen. Den lukkede metode anvender et snit på indersiden af næsen. Konceptet bag lukning inkluderer at samle slimhindens kanter på hver side af perforeringen med minimal spænding. Et interpositionstransplantat bruges også ofte. Interpositionstransplantatet giver udvidet stabilitet og også struktur til perforeringsområdet. Klassisk blev der anvendt et transplantat fra hovedbunden ved anvendelse af temporalis fascia. Kridel et al. Beskrev først anvendelsen af acellulær dermis, således at der ikke kræves yderligere snit; de rapporterede en fremragende lukningsgrad på over 90 procent. Samlede perforeringslukningshastigheder er variable og bestemmes ofte af kirurgens dygtighed og den anvendte teknik. Ofte vælger kirurger, der hævder en høj lukningshastighed, perforeringer, der er lettere at lukke. En åben næseplastik tilgang tillader også bedre adgang til næsen for at reparere eventuelle samtidige næseformationer, såsom sadelnæsdeformitet, der opstår med en septal perforering.