Fremskrivninger fra astrocytter strækker sig også til væggene i blodkarrene, der er en del af blodet -hjerne barriere og ofte omgiver disse skibe fuldstændigt. Disse fremspring, kaldet astrocytiske endefødder, ser ud til at spille kritiske roller i dannelsen af blod-hjerne-barrieren. For eksempel menes de at være involveret i signalering, der beder endotelceller om at danne de stramme kryds, der er nødvendige for at skabe blod-hjerne-barrieren. De ser også ud til at have flere funktioner, der involverer vedligeholdelse af blod-hjerne-barrieren og muligvis den forbigående åbning af barrieren for at tillade vigtige stoffer at krydse under særlige omstændigheder.
Mens de fleste blodkar i hjernen er indesluttet i blod-hjerne-barrieren, er der nogle regioner, der mangler en blod-hjerne-barriere, så stoffer kan passere fra blodet til hjernen og omvendt mere frit. For eksempel er de rundtgående organer en gruppe strukturer, der mangler en blod-hjerne-barriere, der er centreret omkring hjertekammerne. Det menes, at blodkar i de rundtgående organer er mere gennemtrængelige af en grund; for eksempel har den bageste hypofyse brug for at frigive hormoner direkte i blodbanen, og det subfornikale organ er involveret i kardiovaskulær regulering, hvilket kræver adgang til kredsløbssystemet for at overvåge niveauer af hormoner i blodet.
Selvom blod-hjerne-barrieren er et vigtigt beskyttelseslag mellem den perifere blodcirkulation og hjernen, kan det i visse situationer være problematisk, at adgangen til hjernen er så begrænsende. For eksempel i det sjældne tilfælde, hvor der er en infektion i hjernen, gør blod-hjerne-barrieren afgivelse af antimikrobielle stoffer til hjernen meget vanskelig; det hindrer også passagen af antistoffer fra kroppen til hjernen. Mens blod-hjerne-barrieren i disse tilfælde kan være en hindring for behandlingen, giver den dog generelt en vigtig buffer mellem det cirkulerende blod i kroppen og hjernen.