Den 15. august 1958, mindre end to måneder senere, blev de gift i Tabernacle Baptist Church i Buddys hjemby Lubbock, Texas. De slog sig ned i Lubbock, indtil Buddy brød op med sit band, The Crickets, og de flyttede til New York. Santiago-Holly gik på en turné (oktober 1958) med sin mand og påtog sig salgsfremmende opgaver. Buddy Holly dannede også forlaget Maria Music, som “Stay Close To Me “blev arkiveret. Holly producerede Lou Giordanos version af sangen, der blev udgivet på Brunswick 55115 den 27. januar 1959.
I de tidlige morgentimer den 3. februar 1959 var Buddy Holly på tur da han sammen med Ritchie Valens og The Big Bopper døde i et flystyrt. Holly og Santiago havde kun været gift i seks måneder på tidspunktet for hans død. Hun lærte om hans død af rapporterne på tv. Enke efter kun seks måneders ægteskab, hun blev aborteret kort tid efter, angiveligt på grund af psykologisk traume. Buddy blev begravet i Lubbock.
Santiago-Holly deltog ikke i begravelsen og har aldrig besøgt gravstedet. Hun fortalte Avalanche-journal: “På en måde bebrejder jeg mig selv. Jeg havde det ikke godt, da han gik. Jeg var to uger gravid, og jeg ville have Buddy til at blive hos mig, men han havde planlagt den tur. Det var den eneste gang jeg ikke var sammen med ham. Og jeg bebrejder mig selv, fordi jeg ved, at hvis bare jeg var gået sammen, ville Buddy aldrig være kommet ind i det fly. “
Efter det abort, Santiago-Holly havde lidt, og de omstændigheder, hvor hun blev informeret om hans død blev der senere vedtaget en politik af myndighederne for ikke at offentliggøre ofrenes navne, før deres familier er blevet informeret.