Ved udbruddet af anden verdenskrig skrev prins Louis til den franske premierminister, Édouard Daladier, der tilbød at tjene i den franske hær. Hans tilbud blev afvist, og så antog han nom de guerre af Louis Blanchard og sluttede sig til den franske fremmedlegion, da han så handling i Nordafrika, før han blev demobiliseret i 1941 efter Anden våbenstilstand i Compiègne. Derefter sluttede han sig til den franske modstand og blev arresteret af tyskerne efter at have forsøgt at krydse Pyrenæerne på vej til London for at slutte sig til den franske franske leder Charles de Gaulle. Efter sin anholdelse tilbragte han tid i forskellige fængsler, herunder Fresnes. Efter løsladelsen sluttede han sig til den franske modstandsorganisation Organisation de Résistance dans l “Armee under navnet Louis Monnier. Et andet medlem af Charles Martel Brigade, som han tilhørte, var hans fætter Joachim, prins Murat, der blev dræbt i juli 1944. Prins Louis selv undslap snævert døden en måned senere, da han den 28. august blev hårdt såret som en del af en syvmands patrulje, der blev angrebet; han var den eneste overlevende. Efter hans opsving tilsluttede han sig Alpedivisionen og blev senere dekoreret for tapperhed.
Efter krigen boede han i Schweiz og uregelmæssigt i Paris indtil 1950, hvor bannloven mod lederne af Frankrigs tidligere regerende dynastier blev ophævet.
Prins Louis blev en succesrig forretningsmand med en række økonomiske interesser i Afrika. I 1951 sendte prinsen en mindekrans med Napoleons “N” -tegn til begravelsen af William, den tyske kronprins, søn af den afsatte Wilhelm II, den tyske kejser. Dette blev betragtet som en ironisk gestus af royalister på det tidspunkt i betragtning af det faktum, at det var det tyske hus Hohenzollern, der havde besejret og nedlagt Louis Napoleons eget kejserlige hus under den fransk-preussiske krig i 1870.
Efter prins Louis død i Prangins, Schweiz, udpegede han sit barnebarn, prins Jean-Christophe Napoléon, som sin efterfølger og omgåede hans ældre søn, prins Charles Napoléon.