Kidnappings- og løsesumforhandlinger
Omkring kl. 21.00 den 1. marts 1932 klatrede kidnapperen eller kidnapperne med stigen ind i den anden -historie børnehave i Lindbergh-hjemmet nær Hopewell, New Jersey, bortførte barnet og efterlod en løsepenge, der krævede $ 50.000. Lindbergh-babyen, der blev kaldt “Eaglet” af pressen, blev opdaget savnet af Betty Gow, barnets barnepige, cirka en time senere. Lindberghs underrettede de lokale myndigheder, som igen afstod kontrollen med efterforskningen til New Jersey State Police En eftersøgning af gerningsstedet afdækkede løsesummen på tærsklen til et åbent vindue og mudrede, men utydelige fodspor i børnehaven. En stige blev opdaget et stykke fra Lindbergh-huset, brudt på et punkt, hvor to sektioner blev samlet, og der blev fundet fodspor, der førte ind i skoven ved ejendommens kant.
FBI
Skønt H. Norman Schwarzkopf (far til den persiske Golfkrigs kommandør general H. Norman Schwarzkopf) fra New Jersey State Police var nominelt ledende efterforsker i sagen, blev kontrollen med mange af detaljerne afstået til Lindbergh. Yderligere to løsepenge blev modtaget i hurtig rækkefølge, hvoraf den første hævede kidnappernes krav til $ 70.000. Efter at forskellige forsøg på at kontakte kidnapperne ikke kunne bære frugt, placerede en pensioneret New York City-lærer ved navn John F. Condon en annonce i en Bronx-avis den 8. marts 1932 og tilbød at fungere som mellemmand mellem Lindberghs og kidnapperne. Den følgende dag modtog Condon en note fra kidnapperne om, at de ville acceptere ham som en mellemmand. I løbet af de følgende uger opstod der et katte-og-mus-spil, hvor Condon kommunikerede gennem avissøjler under navnet “Jafsie”, og kidnapperne udskrev skriftlige beskeder på steder i hele New York City. Den 16. marts modtog Condon barnets sovedragt som bevis for identitet, og inden for to uger krævede kidnapperne levering af løsepenge. Natten til 2. april mødte Condon, hvor Lindbergh ventede i en bil i nærheden, en mand, som han kaldte “John” på St. Raymonds Cemetery i Bronx. Han forhandlede med “John” og fik ham til at acceptere den originale løsesum på $ 50.000 i bytte for placeringen af Lindbergh-babyen. “John” tog pengene – primært guldcertifikater, hvis serienumre var blevet registreret af statskassen Afdelingen – og gav Condon en note, der sagde, at barnet kunne findes på en båd, der hed Nelly, nær Marthas Vineyard, Massachusetts. Lindbergh førte selv den i sidste ende mislykkede søgning efter Nelly, og teamet af efterforskere blev tvunget til at indrømme, at de ikke havde fået noget til gengæld for løsepenge.