Yemen WarEdit
I 1962 blev Egypten involveret i borgerkrigen i Yemen, der støttede Abdullah al-Sallals revolutionære regime, der havde afsat landets tidligere hersker, Imam Badr, og erklæret en republik. Dette viste sig at være en betydelig økonomisk og militær byrde for Egypten og skabte antipati over for Saudi-Arabien, som støttede de yemenitiske loyalister.
1967 WarEdit
Under arabisk pres og som et resultat af stigende populære forventninger til arabisk militærmagt , den 18. maj 1967, beder Nasser FNs generalsekretær U Thant om at trække FNs nødstyrke (UNEF), der er stationeret på Egypts side af grænsen til Israel i Sinai, tilbage. Egypten lukkede Tiranstrædet for israelsk skibsfart som gengældelse for Israels afledning af floden Jordan. Kong Hussein af Jordan besøgte Kairo den 30. maj og underskrev en jordansk-egyptisk forsvarspagt.
Den 5. juni kl. Israelske hærstyrker udførte et knusende slag mod Egypten. Sytten egyptiske flyvepladser blev angrebet, og det meste af det egyptiske luftvåben blev ødelagt på jorden, hvilket førte til den israelske besættelse af Sinai-halvøen. Jordan gik ind i krigen på Egypts side, men blev tvunget at acceptere et våbenhvile fra FNs Sikkerhedsråd den 7. juni, efter at Israel besatte de jordanske kontrollerede territorier på Vestbredden og den egyptisk-kontrollerede Gazastriben. Egypten accepterede også våbenhvilen. Israelske tropper angreb de strategiske militære installationer i de syriske Golanhøjder og besatte byen Quneitra. Syrien accepterede våbenhvilen den 10. juni.
Egypts nederlag i krigen i 1967 tvang Nasser til at træde tilbage den 9. juni og udnævnte vicepræsident Zakaria Mohieddin som hans efterfølger. Han gav imidlertid op efter massive folkelige demonstrationer af støtte. Syv højtstående officerer blev prøvet i kølvandet på nederlaget, herunder krigsminister Shams Badran. Kommandørchef for de væbnede styrker feltmarskal Abdel-Hakim Amer blev arresteret og siges at have begået selvmord mens han var i forældremyndighed i august.