Historieens struktur og omfang
Herodots emne i hans historie er krigene mellem Grækenland og Persien (499–479 fvt) og deres indledende. Da den har overlevet, er historien opdelt i ni bøger (divisionen er ikke forfatterens): Bøgerne I-V beskriver baggrunden for de græsk-persiske krige; Bøger VI – IX indeholder krigshistorien, der kulminerede med en beretning om den persiske konge Xerxes invasion af Grækenland (Bog VII) og de store græske sejre i Salamis, Plataea og Mycale i 480–479 fvt. Der er to dele i historien, den ene er den systematiske fortælling om krigen 480-479 med dens indledende begivenheder fra 499 og fremefter (inklusive det ioniske oprør og slaget ved Marathon i bog VI), og det andet historien om væksten og organisering af det persiske imperium og en beskrivelse af dets geografi, sociale struktur og historie.
Moderne forskere er uenige om, hvorvidt Herodot fra den første tid havde dette arrangement i tankerne eller var begyndt med en plan for kun en del, enten en beskrivelse af Persien eller en historie om krigen, og hvis ja, med hvilken. En sandsynlig opfattelse er, at Herodot startede med en plan for krigens historie, og at han senere besluttede en beskrivelse af selve det persiske imperium. For en mand som Herodot var nødt til at spørge sig selv, hvad den persisk-ledede invationsstyrke betød. Herodot var dybt imponeret ikke kun over det store persiske imperiums størrelse, men også af den varierede og mangfoldige karakter af dets hær, som endnu var samlet i en enkelt kommando, i fuldstændig kontrast til de græske styrker med deres politiske splittelse og kontroversielle befalinger. skønt grækerne delte et fælles sprog, religion og tankegang og den samme følelse af, hvad de kæmpede for. Denne forskel skulle forklares for sine læsere, og til dette formål beskriver han imperiet.
En logisk forbindelse mellem de to hovedafsnit findes i beretningen i Bog VII om den vestlige march af Xerxes enorme hær fra Sardis til Hellespont på vej til krydset med broen til selve Grækenland. Først kommer en historie om Xerxes arrogance og petulance, efterfulgt af en anden af hans vilde og autokratiske grusomhed, og derefter kommer en lang detaljeret beskrivelse af de separate militære kontingenter fra hæren, der marcherer som på parade, efterfulgt af en detaljeret oversigt over alle de nationale og racemæssige elementer i den enorme invasionskraft.
Herodot beskriver historien og de bestanddele af det persiske imperium i bøgerne I-IV. Hans metode i beretningen om imperiet er at beskrive hver opdeling af det ikke i en geografisk rækkefølge, men snarere som hver blev erobret af Persien – af de successive persiske konger Cyrus, Cambyses og Darius. (Den eneste undtagelse fra dette arrangement er Lydia, som behandles helt i begyndelsen af historien, ikke fordi det først blev erobret, men fordi det var det første fremmede land, der angreb og overvandt de græske byer i Lilleasien.)
Den første sektion af bog I, historien og beskrivelsen af Lydia og dens erobring af perserne, efterfølges af historien om Cyrus selv, hans nederlag over mederne og en beskrivelse af Persien, hans angreb på Massagetae ( i nordøst mod Kaspien) og hans død. Bog II indeholder efterfølgelsen af Cambyses, Cyrus søn, hans plan om at angribe Egypten og en utrolig lang redegørelse for det unikke land og dets historie. Bog III beskriver persernes erobring af Egypten, deres mislykkede invasion mod syd (Etiopien) og vest; Cambyses galskab og død; kampene om arven i Persien, der sluttede med valget af Darius som den nye konge; organisationen af det store nye imperium af ham med en vis redegørelse for de fjerntliggende provinser så langt øst som Bactria og det nordvestlige Indien; og de interne oprør undertrykt af Darius. Bog IV begynder med beskrivelsen og historien om de skythiske folk, fra Donau til Don, som Darius foreslog at angribe ved at krydse Bosporus og deres land og Sortehavet.
Derefter følger historie om den persiske invasion af Scythia, som medførte indsendelse af flere græske byer, såsom Byzantium; af persernes samtidige angreb fra Egypten på Libyen, som var blevet koloniseret af grækerne; og beskrivelsen af dette land og dets kolonisering. Bog V beskriver yderligere persiske fremskridt til Grækenland korrekt fra Hellespont og underkastelse af Trakien og Makedonien og mange flere græske byer til persisk magt, derefter begyndelsen på de græske byer Ioniens oprør mod Persien i 499, og så til de vigtigste genstand for hele arbejdet.