Forskere bruger tre forskellige typer FISH-prober, som hver har en anden anvendelse:
Locusspecifikke prober binder til en bestemt region i en kromosom. Denne type probe er nyttig, når forskere har isoleret en lille del af et gen og vil bestemme, hvilket kromosom genet er placeret, eller hvor mange kopier af et gen der findes inden for et bestemt genom.
Alfoid eller centromere gentagelsesprober genereres fra gentagne sekvenser fundet i midten af hvert kromosom. Forskere bruger disse sonder til at bestemme, om en person har det korrekte antal kromosomer. Disse sonder kan også bruges i kombination med “locus-specifikke sonder” for at bestemme, om et individ mangler genetisk materiale fra et bestemt kromosom.
Hele kromosomprober er faktisk samlinger af mindre prober, som hver især binder til en anden sekvens langs længden af et givet kromosom. Ved hjælp af flere sonder mærket med en blanding af forskellige fluorescerende farvestoffer er forskere i stand til at mærke hvert kromosom i sin egen unikke farve. Det resulterende fuldfarvekort over kromosomet er kendt som en spektral karyotype. Hele kromosomprober er især nyttige til undersøgelse af kromosomale abnormiteter, for eksempel når et stykke af et kromosom er fastgjort til enden af et andet kromosom.
For mange applikationer er FISH stort set blevet erstattet af brugen af mikroarrays . FISK er dog stadig nyttig til nogle tests. FISH kan også bruges til at undersøge sammenligninger mellem de kromosomale arrangementer af gener på tværs af beslægtede arter.